结论：欠款40万元每年还5000元，从合法性的角度来说，这种还款安排本身并不违法，但关键在于双方是否就此达成一致，并且该安排是否符合相关法律法规的规定，特别是关于利息、还款期限以及是否存在欺诈、胁迫等情形。
详细分析：
合同自由原则：
- 在民间借贷中，双方当事人有权自由约定还款方式、还款期限以及利息等条款，只要这些约定不违反法律法规的强制性规定，不违背公序良俗，就是合法有效的。
- 因此，如果双方明确约定欠款40万元每年还5000元，并且这一约定是双方真实意思的表示，没有受到欺诈、胁迫等不正当手段的影响，那么这种还款安排就是合法的。
利息与还款期限的合理性：
- 虽然每年还款5000元本身不违法，但我们需要考虑这一还款安排是否合理，特别是是否涵盖了合理的利息以及是否在合理的期限内还清债务。
- 如果按照每年还款5000元的速度，还清40万元欠款需要80年，这显然是一个不合理的还款期限。在实际操作中，法院可能会根据具体情况，如借款人的还款能力、借款用途、市场利率等因素，对还款期限和利息进行调整。
- 此外，如果双方约定的利息过高，超过了法律规定的上限（如LPR的四倍），那么超出的部分将不受法律保护。
法律后果与风险：
- 如果双方就还款安排达成一致，并且该安排符合法律法规的规定，那么借款人应当按照约定履行还款义务。如果借款人未能按时还款，出借人有权通过法律途径追讨欠款。
- 如果还款安排存在违法情形，如利息过高、还款期限不合理等，那么借款人可以依法主张自己的权益，要求调整还款安排或免除部分债务。
建议：
- 明确约定：双方在签订借款合同时，应当明确约定还款方式、还款期限以及利息等条款，确保这些约定合法、合理且明确无误。
- 咨询专业人士：如果双方对还款安排存在疑问或争议，建议咨询专业律师或金融顾问的意见，以确保自己的权益得到保障。
- 保留证据：双方应当保留好与借款相关的所有证据，如借款合同、转账记录、聊天记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。
示例计算（假设不考虑利息，仅从本金还款角度）：
- 如果欠款总额为40万元，每年还款5000元，那么还清欠款所需的年数为：\(400000 \div 5000 = 80\)年。这显然是一个不切实际的还款期限，因此在实际操作中，双方应当根据借款人的还款能力和市场情况等因素，合理约定还款期限和还款金额。
总之，欠款40万元每年还5000元本身并不违法，但关键在于双方是否就此达成一致，并且该安排是否合理且符合法律法规的规定。如果有任何疑问或争议，建议咨询专业律师的意见。