医院在检查期间发现存在违规收费情况，一般是可以退还违规金额的，但具体能否退还以及退还的方式和程序，需根据实际情况和相关法律法规来判断。以下从不同角度进行分析：

一、违规收费的性质与法律后果

1. 违规收费的定义：违规收费通常指的是医院在提供医疗服务过程中，违反了国家规定的医疗服务价格标准、收费项目或收费方式，向患者收取了不应收取的费用。

2. 法律后果：根据《中华人民共和国价格法》、《中华人民共和国消费者权益保护法》以及《医疗事故处理条例》等相关法律法规，医院违规收费可能面临行政处罚，如罚款、没收违法所得等，并可能需要承担民事赔偿责任，即退还违规收取的费用给患者。

二、退还违规金额的可能性与程序

1. 可能性：在大多数情况下，如果医院在检查期间被发现存在违规收费情况，且患者能够提供充分的证据证明医院确实存在违规行为，那么医院是有义务退还违规金额的。

2. 程序：

   • 患者提出异议：患者首先应向医院提出异议，说明医院存在违规收费的情况，并提供相关证据。
   • 医院调查核实：医院在收到患者的异议后，应进行调查核实，确认是否存在违规收费情况。
   • 协商退还：如果医院确认存在违规收费，应与患者协商退还违规金额的方式和程序。
   • 行政投诉或法律诉讼：如果医院拒绝退还或患者与医院无法就退还事宜达成一致，患者可以向当地卫生行政部门投诉或向人民法院提起诉讼，要求医院退还违规金额并承担相应的法律责任。

三、特殊情况下的处理

1. 医院已将违规金额纳入收入：如果医院已经将违规金额纳入其收入，并用于了医院的运营或其他用途，那么医院在退还违规金额时可能需要面临一定的财务压力。但即便如此，医院仍应承担退还违规金额的法律责任。

2. 患者已使用医疗服务：如果患者在接受医疗服务的过程中已经使用了部分或全部违规收费的服务项目，那么退还违规金额时可能需要考虑患者已使用的服务部分的价值。在这种情况下，医院和患者可以协商确定退还的金额和方式。

四、建议与注意事项

1. 保留证据：患者在发现医院存在违规收费情况时，应尽可能保留相关证据，如收费单据、医疗服务合同、医疗记录等，以便在后续的协商或法律程序中证明医院的违规行为。

2. 及时沟通：患者应及时与医院沟通，说明自己的异议和诉求，并尝试通过协商解决问题。如果协商无果，再考虑通过行政投诉或法律诉讼等途径维护自己的合法权益。

3. 寻求专业帮助：如果患者在处理此类纠纷时感到困惑或无助，可以寻求专业律师的帮助。律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助患者更好地维护自己的合法权益。

总结来说，医院在检查期间发现存在违规收费情况时，一般是有义务退还违规金额的。但具体能否退还以及退还的方式和程序需根据实际情况和相关法律法规来判断。如果患者遇到此类问题，建议及时与医院沟通并保留相关证据，必要时寻求专业律师的帮助。