机动车检测站涉及刑事案件后，可以主动注销资格证，但需注意以下法律要点和程序要求：

1. 主动注销的合法性
   根据《行政许可法》第七十条，行政许可（如机动车检测站资格证）可因“法人或者其他组织依法终止”或“行政许可依法被撤销、撤回，或者行政许可证件依法被吊销”等情形注销。若检测站因刑事案件导致主体资格终止（如被吊销营业执照、解散等），或资格证本身被依法撤销/吊销，此时主动注销是合法且必要的程序。
   但需注意：若刑事案件尚未结案，或资格证未被行政机关依法处理（如未吊销），主动注销可能涉及程序瑕疵，需与监管部门（如市场监管局、生态环境局）提前沟通确认。

2. 主动注销的流程与后果

   • 流程：通常需向发证机关提交书面注销申请，附上刑事案件相关法律文书（如判决书、处罚决定书）、主体资格终止证明（如注销登记通知书）等材料。
     
   • 后果：注销后，检测站将丧失合法经营资格，不得继续从事机动车检测业务。若未注销而擅自停业，可能面临行政处罚（如罚款、列入经营异常名录）；若注销后仍违规经营，则可能构成非法经营罪。

3. 刑事案件对注销的特殊影响

   • 责任连带：若刑事案件涉及检测站直接责任人员（如法定代表人、实际控制人），注销资格证不影响对个人的刑事追责。例如，因出具虚假检测报告构成提供虚假证明文件罪的，即使检测站注销，相关责任人仍需承担刑事责任。
     
   • 民事赔偿：注销前产生的债务（如因检测失误导致的赔偿）不因注销而免除，检测站的股东或出资人可能需在未缴出资范围内承担责任。

4. 建议操作步骤

   • 第一步：确认刑事案件进展及资格证状态（是否已被吊销/撤销）。
     
   • 第二步：与发证机关沟通，明确注销所需材料及程序。
     
   • 第三步：依法完成清算程序（如涉及公司解散），妥善处理员工、债权债务等问题。
     
   • 第四步：提交注销申请，并公告终止经营（如需）。

总结：主动注销资格证是合法选择，但需严格遵循行政程序，并注意刑事案件对主体资格、责任承担的持续影响。建议根据案件具体情况，委托律师协助处理注销及后续法律风险防控。如有进一步疑问，可直接向我咨询。