当公司破产时，已有生效判决的案子中的被告（即破产公司）应按照以下程序处理：

1. 破产程序启动后的法律效果
   根据《企业破产法》第19条，法院受理破产申请后，所有针对债务人的执行程序（包括已生效判决的执行）均应中止。此时，被告公司作为债务人进入破产程序，债权人需通过破产程序申报债权，而非直接申请强制执行。

2. 债权申报与确认

   • 申报主体：原告（债权人）需在法院确定的债权申报期限内，向破产管理人申报债权，并提交生效判决书、执行文书等证明材料。
     
   • 申报范围：包括判决确定的债权本金、利息、违约金等，但需注意破产法对利息计算的限制（如破产申请受理后的利息停止计算）。
     
   • 审查与确认：管理人会对债权进行审查，并编制债权表提交债权人会议核查。若对审查结果有异议，债权人可向法院提起债权确认之诉。

3. 债权清偿顺序
   根据《企业破产法》第113条，破产财产在优先清偿破产费用和共益债务后，按以下顺序清偿：

   • 第一顺序：职工工资、社保费用、补偿金等；
     
   • 第二顺序：税费；
     
   • 第三顺序：普通破产债权（包括判决确认的债权）。
     若破产财产不足清偿同一顺序债权，按比例分配。

4. 特殊情形处理

   • 担保债权：若判决涉及特定财产的抵押、质押等担保，债权人可就担保物优先受偿，但需通过管理人实现权利。
     
   • 未到期债权：破产申请受理时未到期的债权，视为到期，但利息计算仍受限制。
     
   • 连带债务人：若判决涉及连带责任，债权人可向其他连带债务人主张权利，不受破产程序影响。

5. 程序终结后的处理

   • 破产清算：若公司财产分配完毕，法院裁定终结破产程序，未受偿的债权消灭（除非存在担保或连带责任人）。
     
   • 重整或和解：若公司通过重整或和解程序继续经营，债权人需按重整计划或和解协议接受清偿，未申报债权在后续程序中不得补充申报。

建议行动：

• 原告应尽快向管理人申报债权，并关注破产程序进展；
  
• 被告公司需配合管理人工作，如实提供财产和债务信息；
  
• 双方均可对债权申报、清偿方案等提出异议，并通过法律途径维护权益。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作细节。