结论：在红灯时，由于道路施工遮挡住了停止线，车辆越过了停止线停车，一般不算闯红灯，但可能构成越线停车，具体需根据车辆在红灯亮起时的整体行驶行为及当地交通管理部门的判断来确定。
闯红灯的认定标准
闯红灯的认定在执法实践中通常依赖电子眼的拍摄证据，一般需要具备三张照片：车辆驶过停止线、车辆到达路中间、车辆到达对面路口。这三张照片共同构成了闯红灯的完整证据链，缺少其中任何一张都不足以构成闯红灯的认定。因此，如果车辆在红灯亮起时只是刚刚越过被施工遮挡的停止线，但立即停住了，并未继续前行，这种情况通常不被认定为闯红灯。
越线停车的可能情况及法律后果
越线后立即停车：
- 如果车辆在红灯亮起时只是刚刚越过停止线（由于施工遮挡，驾驶员可能未能及时看到停止线），但立即停住了，并未继续前行，这种情况通常不被认定为闯红灯。然而，根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条的规定，机动车遇停止信号时应停在停止线以外，没有停止线的，停在路口以外。因此，这种行为可能会被认定为“越线停车”。越线停车的处罚标准因地区而异，常见的是罚款20元以上200元以下，并可能记2分（具体记分情况需根据当地交通法规确定）。
特殊情况下的处理：
- 如果因道路施工等特殊原因导致停止线被遮挡，驾驶员在无法看到停止线的情况下越线停车，且能提供充分证据（如施工通知、现场照片等）证明非自身故意违规，交通管理部门可能会根据实际情况减轻或免除处罚。但这并不意味着可以忽视交通规则，驾驶员仍应时刻保持警惕，尽量在确保安全的前提下停车等待。
法律建议
遵守交通规则：
- 驾驶员在驾驶过程中应严格遵守交通规则，特别是注意红绿灯的变化。在接近路口时，应提前减速并做好停车准备，避免因为疏忽或其他原因而越过停止线。
注意施工路段：
- 在遇到道路施工等特殊情况时，驾驶员应更加谨慎驾驶。如果停止线被遮挡，应尽量根据其他交通标志或信号灯的指示来判断停车位置，确保行车安全。
保留证据：
- 如果因特殊原因（如施工遮挡停止线）导致越线停车，驾驶员应尽量保留相关证据（如施工通知、现场照片等），以便在需要时向交通管理部门说明情况，争取减轻或免除处罚。
可能的法律后果
- 如果被认定为越线停车，驾驶员可能会面临罚款和记分的处罚。具体罚款金额和记分情况需根据当地交通法规确定。
- 如果驾驶员对处罚有异议，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼来维护自己的合法权益。
总之，在红灯时由于道路施工遮挡住了停止线而越过停止线停车，一般不算闯红灯，但可能构成越线停车。驾驶员应严格遵守交通规则，注意施工路段的安全驾驶，并在需要时保留相关证据以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。