针对维修店非法改装机动车的处罚，主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及其相关实施条例和规定进行，以下是对此问题的详细分析：

1. 对维修店的直接处罚：

   • 罚款：维修店若进行非法改装机动车的行为，如改变车身颜色、更换发动机、车身或车架未按规定办理变更登记，或者进行其他非法改装如排气管道、后导流翼等，将面临罚款。罚款金额根据改装的具体情况和严重程度而定，可能从几百元到数千元不等。若改变了已登记的车辆结构、构造或特征，罚款金额可达200元以上2000元以下。
   • 责令整改与停业整顿：除了罚款外，交通管理部门还可能责令维修店进行整改，甚至停业整顿，以消除安全隐患和纠正违法行为。
   • 没收违法所得：如果维修店通过非法改装机动车获得了违法所得，交通管理部门将依法没收这些所得。

2. 因改装车辆引发的其他违法违规行为的处罚：

   • 安全性能不达标：若改装导致车辆不符合国家安全标准，车辆将无法通过年检。若维修店改装后的车辆继续上路行驶，且被交警部门发现，交警部门可扣留机动车，并责令维修店或车主限期整改。整改后仍不合格的，车辆可能面临强制报废。
   • 从事非法营运：如果维修店改装后的车辆被用于从事道路运输经营活动，且未取得相关营运资质，交通运输部门将依法取缔，并没收违法所得。同时，根据违法所得的金额，维修店还可能面临高额罚款，甚至构成犯罪的，将依法追究刑事责任。

3. 更严厉的处罚措施：

   • 吊销营业执照：对于严重违法或多次违法的维修店，相关管理部门可能吊销其营业执照，禁止其继续从事机动车维修业务。
   • 刑事责任：若维修店非法改装车辆后，车辆被用于飙车等危害公共安全的活动，且造成了严重后果，维修店的相关责任人可能触犯《中华人民共和国刑法》，构成危险驾驶罪或其他相关罪名，面临拘役、罚金甚至有期徒刑等刑事处罚。

4. 对车主的连带责任：

   • 车主如果将车辆交给维修店进行非法改装，也可能面临相应的法律责任。例如，车主可能因驾驶非法改装车辆而受到罚款、扣分等处罚。如果改装导致交通事故，车主还可能承担民事赔偿责任，甚至刑事责任。

法律建议：

• 维修店应严格遵守相关法律法规，不进行任何形式的非法改装机动车行为。
• 车主在选择维修店时，应选择具有合法资质和良好信誉的维修店，避免将车辆交给非法改装店进行改装。
• 如果发现维修店存在非法改装行为，应及时向交通管理部门举报，以维护道路交通安全和自身合法权益。

总结：维修店非法改装机动车将面临严厉的处罚，包括罚款、责令整改、停业整顿、没收违法所得、吊销营业执照甚至刑事责任等。车主也应承担相应的连带责任。因此，建议维修店和车主都严格遵守相关法律法规，确保机动车的安全和合规性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。