针对您提出的“九座车超载三人怎么处罚”的问题，我将依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，结合超载的具体情形，为您详细解答。
首先，我们需要明确超载的定义。根据法律，超载是指车辆载客或载货超过其核定的额定乘员或载重量。对于九座车而言，其核定乘员数为9人，超载三人即表示实际载客数为12人，超员比例达到了33.3%，这明显超过了核定人数的20%。
接下来，我们根据车辆性质（营运客车或非营运客车）来分别讨论处罚措施：
一、营运客车
对于营运客车（如公共汽车、营运长途客车等），若超载但未超过额定乘员20%的，通常处二百元以上五百元以下罚款，并扣留机动车至违法状态消除，同时记6分。但在此案例中，超载比例已超过20%，因此处罚可能会更为严厉。具体来说，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十二条的规定，公路客运车辆载客超过额定乘员的，处二百元以上五百元以下罚款；超过额定乘员百分之二十或者违反规定载货的，处五百元以上二千元以下罚款。同时，公安机关交通管理部门会扣留机动车至违法状态消除，并且驾驶公路客运汽车载人超过核定人数百分之二十以上的，一次记12分。
二、非营运客车
对于非营运客车（如私家轿车、单位自用客车等），若超载但未超过核定乘员20%的，通常处二百元以下罚款，并可能记3分。但同样，在此案例中超载比例已超过20%，因此处罚也会相应加重。虽然法规中未明确提及非营运客车超载超过20%时的具体罚款数额，但根据超载的严重性和道路交通安全的重要性，实际执法中可能会参照营运客车的处罚标准进行适当调整，或者依据地方性法规进行处罚。同时，驾驶其他载客汽车载人超过核定人数百分之二十以上的，也会一次记12分。此外，公安机关交通管理部门在执法过程中，也可能视情况采取扣留机动车的措施以消除违法状态。
三、总结与建议
无论是营运客车还是非营运客车，超载行为都是严重违反道路交通安全法规的，可能导致交通事故和人员伤亡。因此，应严格遵守交通法规，避免超载行为。
如果在行驶过程中被交警认定为超载，应积极配合执法，按照规定接受处罚，并立即消除违法状态（如卸载超载人员或货物）。
鉴于超载行为的严重性和可能面临的严厉处罚，建议车主和驾驶员在出行前务必检查车辆载客或载货情况，确保不超载、不违法。
综上所述，九座车超载三人的处罚措施将依据车辆性质（营运客车或非营运客车）以及超载的严重程度进行判定，但无论如何都将面临严厉的罚款、记分和可能的扣留机动车等处罚。因此，请务必遵守交通法规，确保行车安全。