辞退员工的工资发放与经济补偿金的计算基数问题，可以明确为以下两点：
正常工作期间的工资支付：
- 当员工被单位辞退时，单位应在解除劳动关系后的法定支付周期内，按时足额支付员工在被辞退前按照劳动合同约定的工资标准和工作天数应获得的工资，这部分工资是实发工资。实发工资是劳动者实际到手的工资，即应发工资扣除个人缴纳的社保、公积金、个人所得税等费用后的金额。这是为了确保劳动关系的真正解除，并避免后续纠纷。
经济补偿金的计算基础：
- 若因公司原因违法辞退员工，员工除可获得正常工资外，还有权获得经济补偿金。经济补偿金的计算标准通常为员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。
- 关于经济补偿金中月工资的计算基础，根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第二十七条的规定，应按照劳动者应得工资计算，这包括了计时工资、计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。应发工资是劳动者在正常提供劳动的情况下，用人单位应支付的全部劳动报酬，它更能全面、真实地反映劳动者的劳动价值和收入水平。
- 计算公式（以经济补偿金为例）：
- 经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（应发工资）
- 其中，月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，若低于当地最低工资标准，则按当地最低工资标准计算；若工作不满12个月，则按照实际工作的月数计算平均工资。
举例说明：
假设员工小李的月应发工资为8000元，这包括了他的基本工资、奖金和各项补贴。扣除社保、公积金个人部分及个人所得税后，他的实发工资为6500元。若公司违法辞退小李，需支付经济补偿金时，应以8000元（应发工资）作为计算基数，而不是6500元（实发工资）。如果小李在公司工作了3年，那么他应获得的经济补偿金为3个月 × 8000元/月 = 24000元。
建议与提醒：
- 为避免后续纠纷，建议用人单位和劳动者在劳动合同中明确约定经济补偿金的计算方式。
- 用人单位在辞退员工时，应确保工资的及时、足额发放，并依法支付经济补偿金（如适用），以维护劳动者的合法权益。
- 如果单位未按时足额支付工资或经济补偿金，员工有权向劳动监察大队投诉维权。
希望以上解答能对您有所帮助，如果您还有其他关于劳动纠纷的问题，欢迎直接向我咨询。