若申请司法确认时对方不配合，可按以下步骤处理：

1. 明确对方不配合的具体情形
   司法确认需双方共同向法院提出申请（《人民调解法》第33条），若对方拒绝签署申请书、拒不到庭或明确表示反对，则无法直接启动程序。此时需区分对方是“消极不配合”（如拖延、失联）还是“积极反对”（如书面拒绝确认调解协议效力）。

2. 针对消极不配合的应对措施

   • 收集证据证明调解协议合法性：保留调解过程记录、双方签字确认的调解笔录、对方曾履行部分义务的证据（如转账记录、收条等），证明协议内容未违反法律强制性规定或公序良俗。
     
   • 申请法院督促或公告送达：若对方失联，可向法院提交对方住址、联系方式等证明材料，申请法院通过邮寄、公告等方式送达司法确认申请材料，并要求对方限期回应。
     
   • 直接起诉要求履行协议：若司法确认程序因对方不配合无法推进，可依据《民事诉讼法》第243条，以调解协议为证据直接向法院提起民事诉讼，要求对方履行义务或承担违约责任。

3. 针对积极反对的应对措施

   • 审查反对理由的合法性：若对方以“协议显失公平”“存在欺诈胁迫”等理由反对，需核实调解过程中是否存在程序瑕疵（如调解员未中立、未告知权利义务）或实体问题（如协议内容违反法律）。若反对理由不成立，可向法院提交反驳证据（如调解现场录音、证人证言）。
     
   • 协商补充协议或重新调解：若对方反对源于对协议条款的误解，可尝试通过补充协议明确权利义务，或申请原调解组织重新调解并达成新协议，再申请司法确认。
     

4. 特殊情形处理

   • 涉及紧急利益的保护：若对方不配合可能导致申请人权益受损（如对方转移财产），可向法院申请诉前财产保全，同时启动司法确认程序或直接起诉。
     
   • 利用调解协议的执行力：根据《人民调解法》第32条，经调解组织调解达成的协议具有民事合同性质，若对方不履行，可直接依据协议向法院起诉，无需再经司法确认。

关键提醒：司法确认的核心是“双方自愿”，若对方明确反对，法院不会强制确认。此时需优先通过诉讼途径解决争议，并注意在起诉时将调解协议作为关键证据提交，以缩短诉讼周期、降低举证难度。如有具体案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。