结论：两家公司即便在一段时间内存在人格混同的情况，但后续独立运营后，是否还会被认定人格混同并承担连带债务，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、人格混同的认定标准

人格混同，通常指的是两个或多个主体之间在财产、业务、人员等方面存在高度混同，导致无法区分各自独立的法律人格。在司法实践中，法院会综合考虑多个因素来认定是否存在人格混同，包括但不限于：

1. 财产混同：公司之间资金往来频繁，账目不清，无法区分各自财产。
2. 业务混同：公司之间业务范围高度重叠，甚至存在交叉经营的情况。
3. 人员混同：公司之间管理人员、员工等存在大量重叠，甚至存在一套人马、多块牌子的现象。

二、独立运营后的影响

如果两家公司在一段时间内存在人格混同，但后续已经进行了独立运营，并采取了以下措施：

1. 财务独立：建立了独立的财务制度，资金往来清晰，账目分明。
2. 业务独立：明确了各自的业务范围，避免了业务上的交叉和重叠。
3. 人员独立：管理人员、员工等各自独立，不存在重叠现象。

在这种情况下，如果后续发生债务纠纷，法院在认定是否存在人格混同时，会重点考察独立运营后的实际情况。如果独立运营的措施得当，且能够证明两家公司已经具备了独立的法律人格，那么法院可能不会认定存在人格混同，从而不会要求两家公司承担连带债务。

三、例外情况

然而，也存在一些例外情况。如果两家公司在独立运营后，仍然存在以下情形：

1. 隐蔽的人格混同：虽然表面上进行了独立运营，但实际上在财产、业务、人员等方面仍然存在高度混同。
2. 利用独立运营逃避债务：通过独立运营的方式，试图逃避之前因人格混同而产生的债务责任。

在这种情况下，法院仍然可能会认定存在人格混同，并要求两家公司承担连带债务。

四、法律建议

1. 完善独立运营措施：如果两家公司希望避免后续因人格混同而承担连带债务，应当完善独立运营的措施，确保在财产、业务、人员等方面真正实现独立。
2. 保留相关证据：在独立运营过程中，应当保留好相关证据，如财务账目、业务合同、人员名单等，以便在发生债务纠纷时能够证明自己的独立法律人格。
3. 咨询专业律师：如果涉及复杂的债务纠纷或人格混同问题，建议咨询专业律师，以便获得更具体的法律建议和帮助。

综上所述，两家公司即便在一段时间内存在人格混同的情况，但后续独立运营后是否还会被认定人格混同并承担连带债务，需根据具体情况来判断。如果独立运营措施得当且能够证明独立法律人格，则可能不会被认定存在人格混同；但如果存在隐蔽的人格混同或利用独立运营逃避债务的情形，则仍然可能会被认定并承担连带债务。因此，建议两家公司在独立运营过程中务必谨慎行事，并咨询专业律师的意见。