针对您提出的问题，即被告失踪且不知道其户籍所在地应如何起诉，以下是我为您提供的详细解答：
首先，对于被告失踪的情况，您需要尽力确定其下落。如果确实无法找到被告，并且也无法确定其户籍所在地，那么起诉的过程可能会相对复杂，但仍然有几种途径可以尝试。
一、确定管辖法院
依据原告住所地：如果案件涉及民间借贷，根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，您可以在出借人（即原告）的户籍所在地法院提起诉讼。这需要您提供自己的户籍证明。
被告最后知名居住地或原户籍地：如果您能提供被告最后知名的居住地或原户籍地的信息，也可以尝试向这些地方的法院提起诉讼。法院会根据实际情况，决定是否受理您的案件。
公告送达与缺席判决：如果法院认定被告下落不明，会采用公告送达的方式。公告期满后，如果被告仍未出现，法院可以缺席判决。
二、证明被告下落不明
为了证明被告下落不明，您可以尝试以下方法：
向公安机关或居委会、村委会申请证明：这些机构可能能提供被告不在住所地居住的证明。如果无法开出，您可以申请法院调取相关证据。
收集证人证言：被告的近亲属、邻居、朋友的证言也可以作为被告下落不明的证据。
邮寄送达回执：如果根据被告的住所地邮寄了开庭手续，但回执上显示改地址查无此人或此人长期不在家，这种回执也可以作为证据证明被告下落不明。
三、实际操作建议
咨询律师：在处理此类复杂案件时，建议您咨询专业律师。律师能为您提供更具体的法律建议，并帮助您准备必要的法律文件。
准备充分证据：无论选择哪种途径起诉，都需要准备充分的证据来支持您的主张。这包括借贷关系的证明（如微信聊天记录、支付宝转账记录等）。
保持耐心与配合：由于被告下落不明，案件处理可能会比较耗时。您需要保持耐心，并积极配合法院的调查和审理工作。
综上所述，虽然被告失踪且不知道其户籍所在地会增加起诉的难度，但您仍然有多种途径可以尝试。建议您咨询专业律师，并根据实际情况选择最合适的起诉方式。