医务人员在职期间发生交通事故，卫生系统是否会进行处罚，这主要取决于事故的具体情况以及医务人员所在单位的相关规定，不能一概而论。以下从几个角度进行分析：

1. 交通事故责任与单位处罚的独立性：

   • 交通事故责任是由交通管理部门根据事故现场情况、相关证据以及交通法规来认定的，它主要关注的是事故双方或多方的行为是否违法以及违法程度。
   • 卫生系统或医务人员所在单位对员工的处罚，则通常基于单位内部的规章制度、员工行为准则以及劳动合同等。除非交通事故涉及严重违法或犯罪行为，且该行为与医务人员的职业职责有直接关联，否则卫生系统一般不会直接因为交通事故而对医务人员进行处罚。

2. 可能引发单位处罚的情形：

   • 严重违法或犯罪：如果医务人员在交通事故中涉及酒驾、醉驾、逃逸等严重违法行为，甚至构成犯罪，那么根据单位规章制度或相关法律法规，卫生系统可能会对其进行纪律处分，如警告、记过、降职、解聘等。
   • 影响职业形象或职责：如果交通事故的发生与医务人员的职业职责有直接关联，比如是在执行公务途中发生的，且事故造成了严重后果或不良影响，那么单位可能会根据内部规定对其进行相应处理。
   • 违反单位规章制度：如果医务人员所在单位有明确规定，禁止员工在特定情况下（如酒后）驾驶车辆，而医务人员违反了这一规定并发生了交通事故，那么单位可能会依据规章制度对其进行处罚。

3. 一般情况下的处理：

   • 在大多数情况下，如果医务人员发生的交通事故与其职业职责无直接关联，且未涉及严重违法或犯罪行为，那么卫生系统通常不会对其进行处罚。医务人员应按照交通管理部门的认定结果承担相应的民事或刑事责任。

建议：

• 医务人员应严格遵守交通法规，确保行车安全，避免发生交通事故。
• 如果不幸发生交通事故，应积极配合交通管理部门的调查和处理工作，如实陈述事实，提供相关证据。
• 同时，医务人员也应了解并遵守所在单位的相关规章制度，避免因个人行为给单位带来不良影响或损失。

后续行动：

• 如果您或您身边的医务人员遇到了类似情况，且对卫生系统的处理决定有疑问或不满，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。