这种情况可能是协议条款表述存在瑕疵或错误，也可能是双方有特殊约定但未准确表达，需要结合协议整体内容、双方真实意思表示等综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

条款表述瑕疵或错误

1. 笔误情况：在拟定买卖协议时，可能由于起草人的疏忽，将本应写明的与买卖相关的公证要求，错误地写成了“继承公证”。比如，双方原本约定的是对捕捞船证件买卖这一交易行为进行公证，以增强协议的效力和可执行性，但书写时出现了笔误。
2. 表述不准确：有可能起草人对法律术语的使用不够准确，想表达的是与捕捞船证件权属转移相关的某种公证，但错误地使用了“继承公证”这一表述。例如，实际上是想对买卖过程中涉及到的权属证明文件的真实性、合法性进行公证，却表述成了继承公证。

双方特殊约定但未准确表达

1. 与继承相关的特殊安排：虽然协议本质是买卖，但可能存在与继承有关的特殊背景或安排。比如，卖方是捕捞船证件的继承人，在出售该证件前，需要先完成继承公证，以确认其对该证件的合法处分权。双方在协议中虽然主要约定的是买卖事宜，但也提及了继承公证这一前置条件，只是表述不够清晰明确，容易让人误解为整个买卖协议需要进行继承公证。
2. 未来继承的考量：双方可能在协议中约定了与未来继承有关的内容。例如，买方担心在购买捕捞船证件后，卖方的其他继承人可能会对该证件提出权利主张，因此要求卖方先进行继承公证，以排除其他继承人的权利，保障自己的购买权益。这种情况下，继承公证虽然不是直接的买卖公证，但与买卖协议的履行和买方的权益保障密切相关。

建议处理方式

1. 与对方沟通协商：首先，你可以与协议的另一方进行沟通，了解对方在协议中写入“继承公证”的真实意图。通过友好协商，明确双方的权利义务，看是否能够对协议中的这一表述进行修正或补充说明，以避免后续产生纠纷。
2. 审查协议其他条款：仔细审查买卖协议的其他条款，看是否存在与“继承公证”相关的其他约定或暗示。例如，协议中是否提到了卖方的继承情况、权属证明文件的来源等内容，这些信息可能有助于你理解“继承公证”在协议中的作用和意义。
3. 寻求法律帮助：如果经过沟通和审查协议后，仍然无法确定“继承公证”的具体含义和作用，或者双方对这一问题存在争议，建议你寻求专业法律帮助。我可以根据协议的具体内容、相关法律法规和实际情况，为你提供准确的法律意见和解决方案。