结论：生理期不愿意被强迫的行为，若涉及性侵犯等刑事犯罪，两年后仍然可以追究犯罪者的刑事责任；若涉及民事侵权，则可能因超过诉讼时效而面临一定困难，但并非绝对不能追究，具体情况需结合实际分析。
一、刑事犯罪角度
追诉时效：
- 根据我国《刑法》的相关规定，对于性侵犯等严重刑事犯罪，追诉时效通常较长。例如，对于强奸罪，法定最高刑为无期徒刑、死刑的，追诉时效为二十年。因此，如果生理期不愿意被强迫的行为构成了性侵犯等刑事犯罪，且未超过追诉时效，那么两年后仍然可以追究犯罪者的刑事责任。
证据收集：
- 在追究刑事责任时，证据的收集至关重要。尽管时间已经过去两年，但如果能够收集到足够的证据，如证人证言、物证、医学鉴定等，仍然有可能证明犯罪事实的存在，从而追究犯罪者的刑事责任。
二、民事侵权角度
诉讼时效：
- 根据我国《民法典》的规定，一般民事侵权行为的诉讼时效为三年。如果生理期不愿意被强迫的行为构成了民事侵权，且已经超过了三年的诉讼时效，那么从法律程序上讲，可能面临一定的困难。但需要注意的是，诉讼时效并非绝对，存在中断、中止等情形，且如果权利人能够证明存在特殊情况，法院也可能酌情延长诉讼时效。
损害赔偿：
- 即使超过了诉讼时效，如果权利人能够证明侵权行为的存在以及因此遭受的损害，仍然有可能通过协商、调解等方式获得一定的损害赔偿。此外，如果侵权行为持续存在或造成了严重的精神损害，权利人也可以考虑通过其他法律途径寻求救济。
三、建议与行动
及时咨询：
- 鉴于法律问题的复杂性和时效性，我建议你尽快咨询专业律师，详细描述事件经过和证据情况，以便律师能够为你提供更具体、更准确的法律建议。
收集证据：
- 无论选择追究刑事责任还是民事侵权责任，证据的收集都是关键。你可以尝试收集与事件相关的证人证言、物证、医学鉴定等证据，以便在需要时提供给律师或法院。
考虑心理支持：
- 生理期不愿意被强迫的行为可能给你带来严重的心理创伤。在寻求法律救济的同时，我也建议你考虑寻求心理支持或治疗，以帮助你更好地应对和恢复。
如果你有任何进一步的疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。