当股东退出后违反竞业禁止协议并已经赔偿后，公司仍需采取一系列综合措施来妥善处理后续事宜，确保自身权益得到充分维护。以下是对此问题的详细分析和建议：
一、确认赔偿的充分性与合理性
审查赔偿金额：
- 公司应仔细审查已获得的赔偿金额是否充分覆盖了因股东违约行为所造成的实际损失，包括直接损失（如客户流失、销售额下降）和间接损失（如商誉损害、研发进度受阻）。
- 若赔偿金额不足，公司可考虑进一步通过法律途径追索差额。
评估赔偿协议：
- 确认赔偿协议是否明确、具体，并包含了所有相关的违约条款和赔偿细节。
- 确保赔偿协议具有法律效力，且双方均已签署并认可。
二、采取法律措施防止进一步违约
继续监督：
- 即使股东已经赔偿，公司仍应继续监督其是否继续从事违反竞业禁止的行为。
- 可通过定期调查、市场监控等方式，确保股东遵守协议约定。
申请强制执行：
- 若股东在赔偿后仍继续违约，公司可向法院申请强制执行，要求股东立即停止违约行为，并可能面临进一步的法律处罚。
三、公司内部治理与股权处理
限制股东权利：
- 根据公司章程和法律规定，公司可召开股东会或董事会，作出限制违约股东权利的决议，如限制其表决权、分红权等。
- 及时通知违约股东，并确保决议得到有效执行。
考虑解除股东资格（极端情况）：
- 在股东严重违反竞业禁止协议且对公司造成重大损失的情况下，公司可考虑通过法定程序解除其股东资格。
- 这一步骤需谨慎操作，并确保符合相关法律法规和公司章程的规定。
四、完善竞业禁止协议与预防措施
修订协议：
- 根据此次事件的经验教训，公司应修订竞业禁止协议，明确违约条款、赔偿标准和争议解决方式等。
- 确保协议内容合法、合理，并符合公司利益。
加强培训与宣传：
- 对公司员工进行竞业禁止协议的培训，提高其对协议重要性的认识。
- 通过内部宣传、公告等方式，确保所有股东和员工都了解竞业禁止协议的内容和要求。
建立预警机制：
- 建立竞业禁止违约的预警机制，如定期收集市场信息、监控股东动态等。
- 一旦发现违约迹象，立即采取措施进行调查和处理。
五、选择合适的争议解决方式
- 仲裁或诉讼：
- 若公司与股东之间因竞业禁止协议产生争议，且无法通过协商解决，公司可选择向仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼。
- 根据协议约定和实际情况，选择最合适的争议解决方式。
六、总结与反思
总结经验教训：
- 对此次事件进行总结，分析公司在竞业禁止协议管理、股东监督等方面存在的不足和漏洞。
- 提出改进措施和建议，防止类似事件再次发生。
持续改进与优化：
- 根据市场变化和公司发展需求，持续改进和优化竞业禁止协议和相关管理制度。
- 确保公司能够有效地维护自身权益，促进健康、稳定的发展。
综上所述，当股东退出后违反竞业禁止协议并已经赔偿后，公司仍需采取一系列综合措施来妥善处理后续事宜。通过确认赔偿的充分性与合理性、采取法律措施防止进一步违约、完善公司内部治理与股权处理、加强竞业禁止协议与预防措施、选择合适的争议解决方式以及总结与反思等步骤，公司可以有效地维护自身权益并促进健康、稳定的发展。