诊所违规自行生产口服药属于严重违法行为，将面临行政处罚、刑事追责及民事赔偿等多重法律后果。具体处理方式需结合违规行为的性质、后果及主观故意程度综合判断，以下从法律责任、处理流程及合规建议三方面展开分析：

一、法律责任认定

1. 行政责任
   根据《药品管理法》第115条，未取得药品生产许可证生产药品的，责令关闭，没收违法生产、销售的药品和违法所得，并处违法生产、销售的药品（包括已售出和未售出的药品）货值金额十五倍以上三十倍以下的罚款；货值金额不足十万元的，按十万元计算。
   若诊所仅配制中药制剂但未备案，依据《中医药法》第56条，将面临十万元以下罚款，并责令改正。

2. 刑事责任

   • 生产假药罪：若生产的药品符合《刑法》第141条“假药”定义（如成分不符、以非药品冒充药品等），即使未造成严重后果，也可能构成犯罪，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；对人体健康造成严重危害或有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
     
   • 生产劣药罪：若药品成分含量不符合标准或过期，依据《刑法》第142条，处三年以下有期徒刑或拘役，并处罚金；后果特别严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
     
   • 非法经营罪：若诊所无药品生产资质但大规模生产并销售，可能触犯《刑法》第225条，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处违法所得一倍以上五倍以下罚金；情节特别严重的，处五年以上有期徒刑，并处罚金或没收财产。

3. 民事责任
   患者因服用违规生产的药品遭受损害的，可依据《民法典》第1223条要求诊所承担医疗损害赔偿责任，包括医疗费、误工费、残疾赔偿金等。若药品存在缺陷导致死亡或健康严重受损，患者还可主张惩罚性赔偿。

二、处理流程

1. 行政查处
   药品监管部门（如市场监督管理局）发现违规行为后，将立案调查，查封生产场所、扣押药品及原料，并委托检验机构对药品质量进行检测。根据检测结果，作出行政处罚决定并公示。

2. 刑事移送
   若涉嫌犯罪，药品监管部门将案件移送公安机关立案侦查。公安机关可采取刑事强制措施（如拘留、逮捕），检察院审查起诉后，法院依法审判。

3. 民事诉讼
   患者可自行向法院提起民事诉讼，或通过医疗纠纷调解委员会等第三方机构调解。诉讼中需提供药品购买凭证、医疗记录、损害后果证明等证据。

三、合规建议

1. 立即停止生产
   诊所应立即停止所有违规生产行为，封存剩余药品及原料，避免扩大危害。

2. 主动报告与整改
   向当地药品监管部门报告违规情况，配合调查并提交整改方案（如申请药品生产许可证、委托合法企业生产等）。主动整改可能作为从轻或减轻行政处罚的情节。

3. 完善内部管理

   • 建立药品采购、使用台账，确保来源合法；
     
   • 严格区分“配制”与“生产”行为，中药制剂需按《中医药法》要求备案；
     
   • 定期组织医务人员学习药品管理法规，强化合规意识。

提示：若诊所已涉及行政处罚或刑事调查，建议尽快委托律师介入，通过法律程序争取从宽处理（如行政处罚听证、刑事辩护等）。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。