股东损害公司利益确实适用诉讼时效规定，且诉讼时效期间通常为三年。以下是对此问题的详细解答：
一、法律依据
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条的规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。这一规定同样适用于股东损害公司利益的情形。诉讼时效期间自权利人（即公司）知道或者应当知道权利受到损害以及义务人（即损害公司利益的股东）之日起计算。
二、诉讼时效的起算点
一般原则：诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在股东损害公司利益的案件中，这通常意味着当公司发现权益被侵害时，诉讼时效开始计算。
特殊情况：如果法律规定了其他起算点，则按照特别规定执行。例如，在某些情况下，可能从侵权行为实施之日起计算，或从侵权结果发生之日起计算。但具体起算点需结合案件实际情况和法律规定综合判断。
三、诉讼时效的中止与中断
中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，因法定事由（如不可抗力、无民事行为能力人或者限制民事行为能力人没有法定代理人等）不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。
中断：因提起诉讼、当事人一方提出要求或者同意履行义务等原因，导致诉讼时效中断。从中断时起，诉讼时效期间重新计算。例如，公司向损害其利益的股东提出赔偿请求，即可导致诉讼时效中断。
四、股东损害公司利益的具体情形及诉讼时效适用
关联交易损害公司利益：若股东利用关联关系损害公司利益，公司应在知道或应当知道该行为之日起三年内提起诉讼。
挪用资金或侵占财产：股东挪用公司资金、将公司资金借贷给他人或以公司财产为他人提供担保等行为，若构成对公司利益的侵害，同样适用三年的诉讼时效。
违规决议损害公司利益：股东会或股东大会、董事会的决议违反法律、行政法规或公司章程规定并损害公司利益时，公司需在知道或应当知道决议内容之日起三年内主张撤销或确认无效。
五、建议
鉴于股东损害公司利益纠纷的复杂性及诉讼时效规定的严格性，我建议公司在发现权益受损后，应尽快采取行动，包括但不限于收集证据、咨询专业律师（即我本人，郭富律师，专注于公司事务、股权转让领域）以明确自己的权利和义务，并在诉讼时效期间内提起诉讼，以避免因超过诉讼时效而丧失法律保护。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。