针对您提出的关于《关于规范查处机动车违反限速规定交通违法行为的指导意见》的相关问题，我将结合您提供的参考信息，为您进行详细、清晰的解答。
问题一解答：
根据《关于规范查处机动车违反限速规定交通违法行为的指导意见》（公交管〔2013〕455 号）中的规定，对于在限速低于60公里/小时的公路上，如果机动车超过规定车速50%以下，并且未造成后果的，公安交通管理部门将予以警告，而不进行扣分和罚款。具体到您提到的两种情况：
在限速30公里/小时的公路上，如果车速达到44公里/小时，这相当于超过了规定车速的46.67%（即(44-30)/30*100%），未超过50%，且未发生交通事故造成后果的，根据指导意见，将不扣分不罚款。
在限速40公里/小时的公路上，如果车速达到59公里/小时，这相当于超过了规定车速的47.5%（即(59-40)/40*100%），同样未超过50%，且未发生交通事故造成后果的，也将不扣分不罚款。
问题二解答：
对于《山东省道路测速取证工作规范(试行)》中提到的非营运小型载客汽车在城市道路、普通公路上违反限速规定的情况，如果未超过60公里/小时且未发生交通事故的，将予以警告，不罚款、不记分。具体到您提到的场景：
非营运小型载客汽车在城市道路、普通公路上行驶，在驶过拍照上传限速30公里/小时（比如学校门口、铁路道口）、限速40公里/小时（比如村庄边）位置时，如果车速达到59公里/小时且未发生交通事故的，根据山东省的规范，同样将不罚款、不记分。但在此需要特别强调的是，尽管不罚款不记分，驾驶者仍需切记注意安全，尤其是在学校门口等特殊区域，要减速慢行，注意礼让斑马线，确保学生上下学的交通安全。
额外说明：
此外，我还注意到罗甸县公安局在回复县人民代表大会建议时提到，根据《公安部关于规范查处机动车违反限速规定交通违法行为的指导意见》，限速60km/h以下（含本数）的城市道路原则上不设置测速设备。这一信息也进一步印证了对于低限速城市道路，交通管理部门在执法时会更加注重实际情况和安全性，而非单纯依赖测速设备进行处罚。
综上所述，希望以上解答能够清晰、详细地解答您的问题。如有任何疑问或需要进一步的帮助，请随时告知。