结论前置：厂里将请假两天算作旷工是否合理，需分情况讨论，具体如下：

1. 若请假已获批准：

   • 法律分析：根据《劳动合同法》及相关劳动法规，员工享有休息休假的权利，且应按照用人单位的规章制度履行请假手续。若员工已按照厂里规定提交了请假申请，并获得了厂里的批准，那么这两天应被视为正常休假，不应被算作旷工。
   • 建议：若厂里在员工已获批准请假的情况下仍将其算作旷工，员工有权向厂里提出异议，并要求厂里纠正这一错误做法。若厂里拒绝纠正，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁以维护自己的合法权益。

2. 若请假未获批准：

   • 法律分析：如果员工未按照厂里规定履行请假手续，或者请假申请未获得厂里的批准，而擅自离岗两天，那么这两天确实可能被厂里视为旷工。旷工通常指的是员工未经批准而擅自缺勤的行为，用人单位有权根据规章制度对旷工员工进行相应的处理。
   • 建议：在这种情况下，员工应首先了解厂里的规章制度，确认自己的请假行为是否符合规定。如果确实存在违规行为，员工应主动与厂里沟通，解释原因并寻求谅解。若厂里坚持按照旷工处理，员工应接受这一结果，并吸取教训，以后严格遵守厂里的规章制度。

3. 若厂里规章制度存在瑕疵：

   • 法律分析：如果厂里的规章制度在制定或执行过程中存在瑕疵，如未明确规定请假流程、旷工的定义及处理方式等，或者规章制度本身违反了法律法规的规定，那么员工有权对厂里的旷工认定提出异议。
   • 建议：员工可以仔细审查厂里的规章制度，若发现存在瑕疵或违法之处，可以向厂里提出修改建议。若厂里拒绝修改，员工可以向当地劳动监察部门反映情况，或寻求法律援助以维护自己的合法权益。