结论：在轻微刮蹭逃逸的情况下，交警部门是有权扣车的，且当事人不同意扣车并不能阻止这一行政行为的执行。
分析说明：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，对于发生道路交通事故后逃逸的，公安机关交通管理部门有权扣留事故车辆。这一规定是为了确保事故能够得到妥善处理，保护受害者的合法权益，并维护道路交通秩序。
扣车目的：
- 扣车的主要目的是为了进行事故调查、收集证据以及确定事故责任。在轻微刮蹭逃逸的情况下，虽然事故后果可能相对较轻，但逃逸行为本身已经违反了法律规定，且可能掩盖了事故的真实情况。因此，交警部门需要通过扣车来进一步调查事故原因和责任。
当事人权利：
- 当事人对交警部门的扣车决定有异议的，可以通过合法途径提出申诉或行政复议。然而，在申诉或行政复议期间，扣车决定通常不会因此而停止执行。这是因为扣车是交警部门依法行使职权的行为，且对于维护道路交通秩序和保护受害者权益具有重要意义。
法律后果：
- 如果当事人拒绝配合交警部门的扣车决定，可能会面临更严重的法律后果。例如，交警部门可以依法采取强制措施将车辆拖走，并可能对当事人进行罚款或拘留等处罚。
特殊场景：
- 在某些特殊情况下，如车辆存在特殊情况（如正在执行紧急任务、车辆属于特殊用途等）或交警部门认为扣车可能对公共利益造成重大影响时，可能会考虑不扣车或采取其他替代措施。然而，这些情况通常需要经过严格的审查和批准程序，且并不常见。
行动建议：
- 配合调查：如果发生了轻微刮蹭逃逸事故，建议当事人积极配合交警部门的调查工作，包括接受扣车决定、提供相关证据等。这有助于事故得到妥善处理，并减少不必要的法律纠纷。
- 了解法律：当事人应了解相关的道路交通安全法律法规，明确自己的权利和义务。在遇到类似情况时，能够依法维护自己的合法权益。
- 咨询律师：如果当事人对交警部门的扣车决定或事故处理结果有异议，可以及时咨询专业律师（比如我，于莹莹律师，专注于刑事辩护、交通事故领域），了解自己的法律途径和维权方式。
总结：在轻微刮蹭逃逸的情况下，交警部门有权扣车以进行事故调查和责任确定。当事人应积极配合调查工作，并了解相关法律法规以维护自己的合法权益。如有异议，可通过合法途径提出申诉或行政复议，但在此期间扣车决定通常不会停止执行。