父子在第二轮土地承包经营确权分户后，土地承包经营权在符合法定条件的情况下是可以合并的。具体分析如下：

1. 法律基础与原则
   根据《农村土地承包法》第三条，国家实行农村土地承包经营制度，承包方以家庭为单位。分户与合并的本质是家庭内部对土地承包经营权的重新分配，需遵循“稳定承包关系”与“自愿有偿”原则。若合并符合家庭共同意愿且不违反法律强制性规定，通常可操作。

2. 合并的法定条件

   • 协商一致：分户后的父子需就土地合并达成书面协议，明确合并范围、权属变更等条款。
     
   • 村集体同意：需向发包方（村集体经济组织或村委会）提交合并申请，经其审核同意并备案。
     
   • 不损害他人权益：合并不得侵犯其他家庭成员或第三方的土地权益（如其他共有人未同意合并）。
     
   • 符合政策要求：部分地区可能对合并有额外限制（如土地用途管制、最小承包面积等），需以当地政策为准。

3. 操作流程

   • 签订合并协议：父子双方签署书面协议，明确合并后土地的权属、面积、四至界限等。
     
   • 提交申请：向村集体提交合并申请，附协议、原承包合同、分户证明等材料。
     
   • 审核与变更登记：村集体审核通过后，报乡镇政府农村土地承包管理部门备案，并办理土地承包经营权证变更登记。

4. 注意事项

   • 避免纠纷：合并前需确认原分户协议是否明确土地归属，防止因权属不清引发争议。
     
   • 政策差异：部分地区可能要求合并后土地面积不超过原家庭承包总面积，或需缴纳一定费用，需提前咨询当地农业部门。
     
   • 时效性：土地承包经营权变更登记需在合并协议生效后一定期限内完成（通常为30日），逾期可能影响权益。

建议：若您有具体合并需求，可携带原承包合同、分户证明等材料，向当地村集体或乡镇农业服务中心咨询政策细节，确保合并合法有效。如有其他疑问，欢迎继续向我提问。