村委会党支部书记签字并加盖村委会公章的土地补偿协议，在符合法定条件的情况下，是具有法律效力的。以下从多个角度进行详细分析：
一、协议的法律效力基础
合同成立要件：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立需要满足双方意思表示真实、内容合法、不违反公序良俗等基本条件。土地补偿协议作为合同的一种，同样需要满足这些条件。
- 村委会作为集体土地的管理者，有权代表集体与相关方签订土地补偿协议。党支部书记作为村委会的成员之一，其签字行为在代表村委会时，通常被视为有效，尤其是当该行为得到村委会的授权或事后追认时。
公章的法律效力：
- 公章是单位对外行使权力的象征，加盖公章通常意味着单位对协议内容的认可和承担相应责任。
- 在土地补偿协议上加盖村委会公章，表明村委会对协议内容的确认，是协议具有法律效力的重要依据。
二、协议有效性的具体条件
签字人的权限：
- 党支部书记签字的有效性取决于其是否得到村委会的授权或事后追认。如果党支部书记在签字时没有明确的授权，但事后得到了村委会的认可，那么该签字行为仍然有效。
- 如果党支部书记的签字行为超出了其权限范围，且未得到村委会的追认，那么该签字行为可能无效，但不影响协议中其他有效部分的效力。
协议内容的合法性：
- 土地补偿协议的内容必须合法，不得违反国家法律法规的强制性规定。例如，补偿标准、补偿方式等必须符合相关法律法规的规定。
- 如果协议内容存在违法情形，如补偿标准过低、补偿方式不合法等，那么该协议可能被认定为无效或部分无效。
双方意思表示的真实性：
- 协议双方必须意思表示真实，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意思的情况下签订协议，那么该协议可能被撤销。
三、可能存在的风险及防范
签字人权限风险：
- 为避免签字人权限问题导致的协议无效风险，建议在签订协议前明确签字人的权限范围，并要求签字人提供相应的授权文件或事后追认文件。
协议内容合法性风险：
- 为确保协议内容的合法性，建议在签订协议前对相关法律法规进行充分了解和研究，确保协议内容符合法律法规的规定。
意思表示真实性风险：
- 为避免意思表示不真实导致的协议撤销风险，建议在签订协议前对双方的意思表示进行充分沟通和确认，确保双方对协议内容有充分的理解和认可。
四、建议
- 在签订土地补偿协议前，务必对签字人的权限、协议内容的合法性以及双方意思表示的真实性进行充分了解和确认。
- 如果可能的话，可以请专业律师对协议进行审查和修改，以确保协议的合法性和有效性。
- 在协议签订后，务必妥善保管协议原件和相关证据材料，以备不时之需。
如果您在土地补偿协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。