在行政执法检查中，如果发现种子标签存在问题，行政机关是有权扣押种子的，但这一行为必须依法进行。以下从几个方面进行详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》的相关规定，行政机关在依法对违反行政管理秩序的公民、法人或者其他组织进行处罚时，可以采取包括扣押财物在内的多种行政强制措施。虽然直接的法律条文可能并未明确提及“种子标签问题”即可扣押，但行政机关在执法过程中，对于涉嫌违法的物品，有权根据具体情况采取必要的强制措施，以确保执法效果和公共利益。
   • 此外，针对种子管理的具体法规，如《中华人民共和国种子法》，也可能对种子标签的监管和违法行为的处理有具体规定。如果种子标签问题违反了该法的相关规定，行政机关同样有权依法采取扣押等强制措施。

2. 扣押种子的条件：

   • 行政机关扣押种子必须基于合理的怀疑和充分的证据，即认为该种子标签存在问题，且该问题可能构成违法行为。
   • 扣押行为必须遵循法定程序，如出示执法证件、告知扣押理由和依据、制作扣押清单等。
   • 扣押的种子应当妥善保管，不得随意使用或损毁，并在法定期限内作出处理决定。

3. 可能的法律后果：

   • 如果种子标签问题确实构成违法行为，行政机关将依法对违法行为人进行处罚，如罚款、没收违法所得等。同时，扣押的种子可能作为违法证据被依法处理。
   • 如果种子标签问题不构成违法行为或行政机关扣押行为违法，违法行为人有权依法申请行政复议或提起行政诉讼，要求撤销扣押决定或赔偿损失。

4. 实际操作建议：

   • 对于行政机关而言，在执法过程中应严格遵守法律法规和法定程序，确保扣押行为的合法性和合理性。
   • 对于种子生产经营者而言，应严格遵守种子标签管理的相关规定，确保种子标签的真实性和准确性。如果遇到行政机关扣押种子的情况，应积极配合执法工作，并依法维护自己的合法权益。

总结来说，行政执法检查中发现种子标签有问题时，行政机关在依法、合理、程序正当的前提下，是有权扣押种子的。如果对此有疑问或遇到相关法律问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律解答和建议。