追收工程款涉及多个部门，具体选择哪个部门需根据具体情况判断。以下是详细的解答：
协商与调解阶段
- 首选方式：在追收工程款时，首先应尝试通过友好协商的方式解决。可以直接联系发包方或承包方的负责人，明确表达付款意愿和诉求，看是否能够达成付款协议。
- 调解机构：如果协商未果，可以考虑寻求第三方调解。常见的调解机构包括建筑业协会、工程造价管理协会等行业调解组织，它们可以提供专业的调解服务。此外，人民调解委员会也是基层社区或司法所设立的免费调解民事纠纷的机构，也可以考虑寻求其帮助。
行政投诉阶段
- 适用情况：如果对方存在违法违规行为，如拖欠农民工工资等，可以向相关行政部门进行投诉。
- 投诉部门：
- 劳动监察部门：针对农民工工资拖欠问题，可以向当地人力资源和社会保障局下属的劳动监察大队进行投诉。他们会根据相关法律法规对拖欠工资的行为进行查处。
- 建设行政主管部门：如住房和城乡建设局，它们可以对工程转包、违法分包等行为进行查处。如果追收工程款的过程中发现对方存在这些违法行为，可以向该部门投诉。
法律诉讼阶段
- 适用情况：当协商和投诉均无法解决工程款追收问题时，可以考虑通过法律诉讼的方式解决。
- 处理部门：
- 人民法院：可以向人民法院提交民事诉讼状及相关证据（如合同、结算单、催款记录等），通过司法程序追讨欠款。法院会根据事实和法律进行判决，并强制执行判决结果。
- 仲裁机构：如果合同中约定了仲裁条款，也可以向约定的仲裁委员会申请仲裁。仲裁结果同样具有法律效力，可以强制执行。
其他辅助手段
- 法律援助：如果经济困难，无法承担律师费用，可以向司法局申请法律援助。获得法律援助后，会有律师免费代理案件，帮助追收工程款。
- 信用惩戒：对于欠债不还的企业，可以将其列入“失信被执行人”名单。这会对企业的信用造成严重影响，限制其高消费行为，从而促使其尽快还款。
在追收工程款的过程中，建议根据具体情况选择合适的解决途径和部门。如果对方愿意协商，可以优先通过协商解决；如果对方存在违法违规行为，可以向相关行政部门投诉；如果协商和投诉均无法解决，可以考虑通过法律诉讼或仲裁的方式解决。同时，也可以考虑利用法律援助和信用惩戒等辅助手段来增强追收效果。
如果有任何关于建设工程合同纠纷或工程款追收的问题，都可以直接向我咨询。我会根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。