在车辆发生故障时，若在应急车道低速行驶，一般会被处以警告或者20元以上200元以下罚款，同时可能面临扣分处罚。具体分析如下：
处罚依据：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
- 同时，依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，驾驶机动车在高速公路或者城市快速路上违法占用应急车道行驶的，一次记6分。虽然该条款直接针对的是“违法占用应急车道行驶”，但低速行驶在应急车道同样属于违法占用行为，因此也会受到相应的扣分处罚。
处罚的合理性：
- 应急车道是专为救护车、消防车、警车等特种车辆执行紧急任务时使用的车道，也供车辆在发生故障或遭遇紧急情况时临时停靠。非紧急情况下在应急车道行驶或停车，会妨碍特种车辆执行任务，甚至可能引发交通事故，因此必须受到法律的严格规制。
- 低速行驶在应急车道同样具有危险性，可能影响其他正常行驶的车辆，甚至导致追尾等事故。因此，法律对这种行为也规定了相应的处罚措施。
特殊情况下的处理：
- 如果车辆确实发生故障，无法正常行驶，需要临时停靠在应急车道进行检修或等待救援，此时应开启危险报警闪光灯，并在车后150米以外设置警告标志，以提醒其他车辆注意。这种情况下，虽然车辆停靠在应急车道，但属于合法行为，不会受到处罚。
- 如果车辆故障导致无法以正常速度行驶，但尚未达到必须立即停靠的程度，驾驶人应尽快将车辆驶离高速公路或城市快速路，寻找合适的地点进行检修。在此过程中，如果因故障导致车辆低速行驶，虽然可能面临一定的处罚风险，但只要驾驶人能够证明故障的存在并采取合理的措施避免事故发生，处罚可能会相对减轻。
建议：驾驶人在行驶过程中应严格遵守交通法规，避免在非紧急情况下占用应急车道。如果车辆发生故障或遭遇紧急情况，应及时开启危险报警闪光灯并设置警告标志，以确保自身和他人的安全。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。