如果发现您的身份证被冒用注册了公司，这确实是一个需要严肃对待的问题。为了有效维护您的合法权益，您可以按照以下步骤来处理，并准备相应的证明材料：
一、全面收集证据
基础身份信息证据：
- 首先，前往当地的市场监督管理局（或工商管理部门）查询该公司的注册档案。仔细核对申请材料中的签名、身份证复印件等，若发现这些材料并非您本人提供或签名与您的笔迹不符，这些将成为初步且关键的证据。
- 同时，收集您个人在公司注册期间的行为轨迹证据，如机票、火车票、住宿记录等，以证明您当时并不在注册地，从而进一步佐证身份被冒用的事实。
与公司无关联证据：
- 查阅该公司的会议记录、财务报表、业务往来文件等，以证明您从未参与过该公司的经营管理，也未获取过该公司的任何权益。
- 查询您的银行流水和税务记录，确认没有来自该公司的资金往来或相关纳税信息，这也是证明您与公司无关联的重要证据。
其他辅助证据：
- 保留与冒用者、公司相关人员的沟通记录，如聊天记录、通话录音等。特别是如果对方在沟通中承认了冒用您身份的行为，这些记录将成为非常有力的证据。
- 如果您的身份证曾经丢失或被盗，及时收集并保留身份证丢失证明、挂失流程的官方文件等相关证据。
- 及时向公安机关报案，并保存好公安机关的接警记录、询问笔录等，这些将作为事件处理过程的官方佐证。
证人证言与监控录像：
- 如果可能的话，寻找知晓注册过程的同事、朋友等提供证言，他们的陈述将有助于证明您的身份被冒用。
- 若注册公司时有监控录像，尝试调取相关录像，以确认是否存在冒用行为。
二、准备证明材料并采取行动
编写情况说明：
- 根据收集到的证据，编写一份详细的情况说明，阐述您的身份证如何被冒用、您发现被冒用的过程、以及您为此采取的措施等。情况说明应条理清晰、事实确凿。
向工商登记机关申请撤销登记：
- 携带您收集到的所有证据和情况说明，前往工商登记机关（市场监督管理局）书面申请撤销该公司的工商登记。在申请中，明确指出您的身份被冒用，并要求工商登记机关根据相关法律法规进行调查处理。
报警并配合调查：
- 向当地公安机关报案，详细说明您的身份证被冒用的情况，并提交相关证据。配合公安机关的调查工作，提供必要的协助和信息。
考虑法律途径：
- 如果工商登记机关未能及时处理或无法证明您的身份被冒用，您可以考虑向人民法院提起行政诉讼，要求撤销工商登记或确认其无效。在此过程中，提供充分的证据支持您的诉求。
- 如果您被冒名成为公司的股东、法定代表人或高管等，您还可以提起相应的民事诉讼，要求确认您的无相关身份或签名无效。
三、加强个人信息保护
- 在处理完此次事件后，务必加强您的个人信息保护意识。不要随意透露您的身份证等敏感信息，特别是在不安全的网络环境中。
- 定期检查您的个人信用报告和公司信息，及时发现并处理任何异常情况。
四、持续跟进与反馈
- 在处理过程中，保持与工商登记机关、公安机关等相关部门的沟通联系，及时了解处理进展和结果。
- 根据需要，持续提供补充证据或信息以协助调查和处理工作。
综上所述，面对身份证被冒用注册公司的情况，您应迅速行动、全面收集证据、准备充分的证明材料，并通过合法途径坚决维护自己的合法权益。同时，加强个人信息保护意识也是预防类似问题再次发生的关键。