税务机关通知被查公司准备手续这一行为本身并不犯法，这是税务机关依法履行税务检查职责的正常程序性要求。以下从多个角度进行详细分析：

税务机关的法定职权

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十四条的规定，税务机关有权进行税务检查，具体包括检查纳税人的账簿、记账凭证、报表和有关资料，责成纳税人提供与纳税有关的文件、证明材料和有关资料等。因此，税务机关通知被查公司准备相关手续（如账簿、凭证、合同等）是其行使法定职权的体现，具有合法性。

程序合法性要求

税务机关在实施税务检查时，必须遵循法定程序，包括但不限于：

1. 出示证件：税务人员进行检查时，应当出示税务检查证和税务检查通知书。
2. 通知义务：税务机关在实施检查前，通常会提前通知纳税人准备相关资料，以便检查顺利进行。
3. 保密义务：税务机关及其工作人员对在检查中知悉的纳税人商业秘密和个人隐私，应当依法予以保密。

若税务机关未履行上述程序（如未出示证件、未依法通知等），则可能构成程序违法，但通知准备手续本身并不违法。

纳税人的配合义务

根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十六条的规定，纳税人、扣缴义务人必须接受税务机关依法进行的税务检查，如实反映情况，提供有关资料，不得拒绝、隐瞒。因此，被查公司有义务配合税务机关的检查，包括按要求准备和提供相关手续。

可能的违法情形

若税务机关在通知或检查过程中存在以下行为，则可能构成违法：

1. 超越职权：如要求纳税人提供与纳税无关的资料或信息。
2. 滥用职权：如以检查为名非法干预纳税人正常经营活动。
3. 违反程序：如未依法出示证件、未依法通知或未依法保密。

但这些情形均与“通知准备手续”这一行为本身无关，而是涉及税务机关的具体执行方式。

实务建议

1. 被查公司：应积极配合税务机关的检查，按要求准备和提供相关资料，同时可要求税务人员出示证件和检查通知书，确保检查程序合法。
2. 税务机关：应严格依法行使职权，确保检查程序合法、透明，避免因程序瑕疵引发争议。

若您对税务检查的具体程序或权利义务有进一步疑问，可直接向我咨询。