公司非法转包仍需支付工程款，但需结合具体情形分析法律责任与后果。以下从不同角度展开说明：

1. 非法转包的法律定性

根据《中华人民共和国民法典》第七百九十一条及《建筑法》第二十八条，非法转包是指承包人将工程全部转包给第三人，或肢解后以分包名义转包，且未经发包人同意。此类行为因违反法律强制性规定，转包合同通常被认定为无效。但合同无效不必然免除支付工程款的义务，需进一步分析实际履行情况。

2. 工程款支付义务的法律依据

• 《民法典》第七百九十三条：建设工程施工合同无效，但工程经验收合格的，承包人可参照合同关于工程价款的约定请求支付价款。

  • 核心逻辑：法律优先保护实际投入劳动和材料的施工方利益，避免因合同无效导致利益失衡。
    
  • 例外情形：若工程未经验收或验收不合格，且承包人拒绝修复，发包人有权拒付工程款。

• 《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》：

  • 实际施工人（如转包后的实际施工方）可直接向发包人主张工程款，但范围以发包人欠付承包人（转包方）的工程款为限（第二十四条）。
    
  • 若转包方与实际施工人约定“背靠背”条款（即以发包人付款为转包方付款前提），法院可能因转包违法而认定该条款无效，转包方仍需直接支付。

3. 非法转包的法律后果

• 对转包方：

  • 行政处罚：住建部门可责令改正、没收违法所得，并处工程合同价款0.5%-1%的罚款（《建筑法》第六十七条）。
    
  • 民事责任：需向发包人承担违约责任（如工期延误、质量瑕疵等），同时可能因转包违法被实际施工人追偿。

• 对实际施工人：

  • 权利保障：虽转包合同无效，但实际施工人仍有权主张工程款（需证明工程合格及实际投入）。
    
  • 风险点：若工程存在质量问题或未完工，可能面临发包人反诉或扣减工程款。

4. 实务中的关键证据

若实际施工人主张工程款，需重点准备以下证据：

1. 转包合同或协议（即使无效，也可证明双方关系）；
   
2. 工程验收合格证明（如竣工验收报告、分部分项验收记录）；
   
3. 实际施工证据（如施工日志、材料采购发票、工人工资表）；
   
4. 发包人欠付工程款证明（如结算单、付款记录）。

5. 风险提示与建议

• 对发包人：

  • 签订合同时明确禁止转包，并约定高额违约金；
    
  • 施工过程中加强监管，避免承包人擅自转包。

• 对承包人（转包方）：

  • 非法转包可能导致行政处罚、民事赔偿及信用损失，建议通过合法分包（需发包人同意且符合资质要求）规避风险。

• 对实际施工人：

  • 优先选择与有资质的承包人合作，避免因转包违法导致权利受损；
    
  • 施工前要求转包方提供发包人同意转包的书面证明。

若您涉及具体案件，建议提供合同文本、施工记录等材料，以便进一步分析责任比例与诉讼策略。