核心结论：婚内财产协议签订后仍有金钱来往的处理方式，需根据金钱来往的性质、目的以及协议的具体内容来综合判断，以下是具体分析：

1. 明确金钱来往的性质

   • 日常家事支出：如果金钱来往是用于夫妻共同生活的日常开销，如购买食品、衣物、支付水电费等，这些通常被视为夫妻共同生活的必要支出，即使婚内财产协议有相关约定，也一般不会影响这些支出的性质。在这种情况下，无需对每一笔日常支出都进行特别处理，但建议保留好相关支出凭证，以备不时之需。
   • 大额财产转移或赠与：如果金钱来往涉及大额财产的转移或赠与，如一方将个人财产赠与给另一方，或者一方将共同财产转移至个人名下，这就需要根据婚内财产协议的具体内容来判断。如果协议中有明确约定，应按照协议执行；如果协议中没有约定或约定不明，可能需要依据《民法典》中关于夫妻财产制度的规定来处理。

2. 审查婚内财产协议的内容

   • 协议的有效性：首先，要确认婚内财产协议是否有效。根据《民法典》的规定，婚内财产协议应当采用书面形式，并由双方签字确认。如果协议内容合法、不违反公序良俗，且双方在签订时具有完全民事行为能力，那么该协议就是有效的。
   • 协议的具体约定：其次，要仔细审查协议中的具体约定。如果协议中明确规定了夫妻在婚姻关系存续期间所得的财产以及婚前财产的归属、管理、使用和处分等事项，那么双方应当按照协议执行。如果协议中没有涉及金钱来往的具体处理方式，或者约定不明，那么就需要根据法律规定和实际情况来综合判断。

3. 处理金钱来往的建议

   • 沟通协商：在发生金钱来往后，双方应首先进行沟通协商，明确来往的性质和目的，以及是否符合婚内财产协议的约定。通过沟通协商，可以尽量避免不必要的纠纷和误解。
   • 保留证据：无论金钱来往的性质如何，双方都应保留好相关证据，如转账记录、收据、发票等。这些证据在后续处理纠纷时将起到至关重要的作用。
   • 寻求法律帮助：如果双方无法就金钱来往的处理达成一致意见，或者认为对方的处理方式违反了婚内财产协议的约定，可以寻求法律帮助。作为律师，我可以根据具体情况提供专业的法律意见和解决方案。