在建设工程合同纠纷中，实际签订的合同与招标文件有所不同时，原则上应以招标文件和中标人的投标文件为准来确定双方的权利和义务，但具体还需结合实际情况和法律规定进行综合判断。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律原则与规定
《中华人民共和国招标投标法》的相关规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》第四十六条，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。
- 这一规定明确了招标文件和中标人的投标文件在合同订立中的基础性地位，任何背离这些文件实质性内容的协议都是不被允许的。
合同实质性内容的界定：
- 合同的实质性内容通常包括工程范围、建设工期、工程质量、工程造价等关键条款。如果实际签订的合同在这些方面与招标文件存在显著差异，那么很可能构成对招标文件实质性内容的背离。
二、实际签订合同与招标文件不同的处理
以招标文件和中标文件为准：
- 在大多数情况下，如果实际签订的合同与招标文件存在不同，且这种不同涉及合同的实质性内容，那么应当以招标文件和中标人的投标文件为准。这是因为招标文件和中标文件是合同订立的基础，双方应当严格遵守。
例外情况：
- 当然，也存在一些例外情况。例如，如果双方在合同订立后，因不可抗力、政策调整等客观原因需要对合同内容进行变更，且这种变更得到了双方的协商一致，并符合相关法律法规的规定，那么这种变更可能是有效的。
- 另外，如果招标文件或中标文件本身存在不明确、不完整或相互矛盾的地方，双方在合同订立过程中通过协商对这些地方进行了明确或补充，且这种明确或补充不违反法律法规的强制性规定，那么这种变更也可能被视为有效。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果实际签订的合同背离了招标文件的实质性内容，且没有合法的变更理由，那么这种合同可能被视为无效或部分无效。在这种情况下，双方可能需要按照招标文件和中标文件的内容来履行合同义务，或者承担相应的法律责任。
建议：
- 对于招标人而言，在编制招标文件时应当尽可能明确、完整地规定合同的实质性内容，以避免后续产生纠纷。
- 对于中标人而言，在签订合同时应当仔细审查招标文件和中标文件的内容，确保实际签订的合同与这些文件保持一致。如果发现存在差异或需要变更的地方，应当及时与招标人进行协商并达成一致意见。
- 如果双方在合同履行过程中发现实际签订的合同与招标文件存在不同，且这种不同可能涉及合同的实质性内容，那么应当及时咨询专业律师的意见，以便采取合适的法律措施来维护自己的合法权益。
在实际操作中，如果遇到此类问题，建议直接向我咨询，以便根据具体情况提供更详细的法律分析和建议。