在劳务派遣关系中，劳务派遣员工的工资一般应由劳务派遣单位发放。这是基于《中华人民共和国劳动合同法》的明确规定，并在实际操作中得到普遍遵循。以下是对这一问题的详细分析：
一、法律规定与工资支付主体
根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十八条，劳务派遣单位是本法所称用人单位，应当履行用人单位对劳动者的义务，其中核心义务之一便是向被派遣劳动者支付劳动报酬。因此，劳务派遣单位是工资发放的主体，负责与劳动者订立劳动合同，并约定劳动报酬等相关事项。该条款还明确指出，劳务派遣单位应当与被派遣劳动者订立二年以上的固定期限劳动合同，按月支付劳动报酬；被派遣劳动者在无工作期间，劳务派遣单位应当按照所在地人民政府规定的最低工资标准，向其按月支付报酬。这进一步强调了劳务派遣单位作为工资支付主体的法定责任。
二、特殊情况下的工资发放
尽管劳务派遣单位是工资发放的主体，但在实际操作中，可能会遇到由用工单位代发工资的情况。这种代发行为通常基于以下两种情形：
双方约定代发：劳务派遣单位和用工单位可以在劳务派遣协议中明确约定，由用工单位直接代劳务派遣单位向被派遣劳动者发放工资。然而，这种约定仅改变了工资发放的操作层面，劳务派遣单位仍然对工资支付承担法定责任。如果发生工资支付问题，劳务派遣单位不能以约定了用工单位代发为由逃避其法律责任。
为了方便管理和操作：为了提高工资发放的效率和便利性，减少中间环节，经劳务派遣单位同意，用工单位可以代发工资。但在此情况下，劳务派遣单位依然对工资支付的合法性、准确性等负有监督和最终责任。
三、工资发放的责任与权益保障
劳务派遣单位的责任：劳务派遣单位作为工资支付的主体，必须确保按时足额发放工资，并依法为劳动者缴纳社会保险等费用。若未履行这些义务，劳动者有权依法向其主张权利，要求其支付工资及相应赔偿。
用工单位的角色：用工单位虽然可能参与工资的实际发放过程（如代发），但并不承担工资支付的法律责任。其主要职责是按照劳务派遣协议的约定，将包括劳动者工资、社会保险费等费用支付给劳务派遣单位。
劳动者的权益保障：劳动者在劳务派遣关系中享有与正式员工同等的劳动权益，包括但不限于工资、福利、社会保险等。如果劳务派遣单位或用工单位侵犯了其合法权益，劳动者可以通过法律途径维护自己的权益，如向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或向人民法院提起诉讼。
四、实际风险与建议
尽管存在用工单位代发工资的情况，但这种做法可能引发一系列法律和管理问题，如法律关系混乱、增加用工单位的管理成本和法律风险等。因此，建议劳务派遣单位和用工单位在劳务派遣协议中明确约定工资支付的方式和责任，以确保工资的合法、准确、及时发放，切实保障劳动者的合法权益。
综上所述，劳务派遣工资发放的主体是劳务派遣单位，这是基于法律规定和劳务派遣关系的本质所确定的。在实际操作中，应严格遵守相关法律法规，确保劳务派遣工资的合法、准确、及时发放。如果您在劳务派遣工资发放方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。