实习协议和三方协议在毕业生就业过程中扮演着不同的角色，它们之间存在明显的区别。以下是对这两者的详细解释：

实习协议：

实习协议主要是针对在校学生，为了完成学业、理论联系实际、了解行业而与实习单位签订的协议。这份协议的法律关系相对模糊，它更多地是规范实习期间学生与实习单位之间的权利和义务，比如实习内容、实习时间、实习待遇等。实习协议通常不涉及毕业后的就业问题，也不具备确立劳动关系的法律效力。在实习期间，学生可能获得一定的生活补贴，但也可能无薪资，且保障措施并非强制性的。

三方协议：

三方协议，全称为《全国普通高等学校毕业生就业协议书》，是毕业生、用人单位和毕业生所在学校三方在毕业生就业工作中权利和义务的明确约定。这份协议具有法律效力，是毕业生与用人单位建立就业关系的正式凭证，也是毕业生毕业后到人事、教育等部门办理就业报到手续的必备材料之一。

三方协议的作用主要体现在以下几个方面：

1. 确立就业关系：协议一旦签署，就意味着毕业生的第一份工作基本确定。
2. 办理报到手续：毕业生需凭三方协议到学校开具就业报到证和户口迁移证，同时转递学生档案。
3. 统计就业率：三方协议也是国家统计大学生就业率的一个根据。
4. 解决相关问题：协议有助于解决应届毕业生户籍、档案、保险、公积金等一系列相关问题。

然而，需要注意的是，三方协议只是毕业生、用人单位和学校三方之间签订的就业意向，它并不是劳动关系的法律文件，对劳动关系没有约束力。只有当毕业生到单位报到，并与单位签订了劳动合同或形成了事实劳动关系后，意向变为现实，毕业生才能和用人单位形成正式的劳动关系。

总结：

实习协议主要针对在校学生的实习活动，法律关系相对模糊，不涉及毕业后的就业问题；而三方协议则是毕业生、用人单位和学校三方在毕业生就业工作中的明确约定，具有法律效力，是确立就业关系和办理报到手续的必备材料。因此，在签订这两份协议时，毕业生需要明确自己的身份和目的，仔细阅读协议内容，确保自己的权益得到保障。