在电瓶车闯红灯与汽车相撞的交通事故中，保险公司的赔偿方式是一个综合考量多个因素的过程。以下是对此问题的详细解答：
一、事故责任认定
首先，事故责任的认定是赔偿的基础。电瓶车闯红灯属于严重违反交通规则的行为，通常会被认定为至少承担主要责任。然而，具体责任划分还需综合考虑机动车一方是否存在超速、违规驾驶等情况。交警部门会根据事故现场勘查、调查取证等情况，出具交通事故责任认定书，明确各方在事故中的责任比例。
二、保险赔偿方式
交强险赔偿：
- 机动车投保了交强险的，在事故发生后，交强险将首先在责任限额范围内进行赔偿。
- 交强险的赔偿限额分为有责赔偿和无责赔偿。有责赔偿时，医疗费用赔偿限额为18,000元，伤残赔偿限额为180,000元，财产损失赔偿限额为2,000元。无责赔偿时，限额分别为医疗费用1,800元，伤残赔偿18,000元，财产损失100元。
- 即使电瓶车方负主要或全部责任，只要机动车有责任（哪怕只是次要责任），交强险就要在上述限额内赔偿电瓶车方的损失，包括人身伤害和财产损失。
商业险赔偿：
- 若机动车还投保了商业第三者责任险，对于超出交强险限额且属于机动车方应承担的赔偿部分，将由商业险按照保险合同的约定进行赔偿。
- 商业险的赔偿金额将考虑事故责任比例、商业险合同中的绝对免赔额、特定免责情形等因素。
三、赔偿项目与标准
赔偿项目主要包括人身损害赔偿和财产损失赔偿：
人身损害赔偿：
- 医疗费：根据医疗机构出具的医药费、住院费等收款凭证确定。
- 误工费：根据误工时间和收入状况确定。
- 护理费：根据护理人员的收入状况和护理人数、护理期限确定。
- 交通费：根据实际发生的费用计算。
- 住院伙食补助费：参照当地国家机关一般工作人员的出差伙食补助标准确定。
- 营养费：根据受害人伤残情况参照医疗机构的意见确定。若造成残疾，还需赔偿残疾赔偿金、残疾辅助器具费等。
财产损失赔偿：
- 电瓶车的维修费用或重置费用，根据实际损失进行评估确定。
- 如有其他随身携带的财物损坏，也应按照实际价值赔偿。
- 同时，如果机动车在事故中有损坏，电瓶车方也需按照责任比例赔偿机动车的维修费用等损失。
四、赔偿流程与注意事项
- 报警并保护现场：事故发生后，应立即报警并保护现场，以便交警进行责任认定。
- 收集证据：积极收集相关证据，如监控视频、现场照片、证人证言等，以备后续理赔使用。
- 提交理赔申请：根据责任认定情况，向保险公司提交理赔申请，并提供必要的证明材料。
- 赔偿协商：保险公司核实事故情况后，将与申请人进行赔偿协商。如有争议，可通过协商、调解或诉讼等方式解决。
- 遵守交通规则：电瓶车骑行者应严格遵守交通规则，避免闯红灯等违法行为，以减少交通事故的发生。
- 了解保险条款：不同保险公司的保险条款可能有所不同，投保人应仔细阅读并了解所购保险的条款内容。
综上所述，电瓶车闯红灯与汽车相撞后，保险公司的赔偿方式将综合考虑事故责任认定、交强险与商业险的投保情况以及具体的保险条款。双方应本着公平、合理的原则进行处理，并尊重法律程序和鉴定结论的权威性。