结论前置：信用卡逾期后从银行卡自动划扣的钱，通常是先用于冲抵利息、费用，再冲抵本金。具体冲抵顺序可能因银行规定或合同约定而有所不同。

详细分析：

1. 还款冲抵顺序的一般原则：

   • 在信用卡业务中，当持卡人逾期还款时，银行通常会按照一定的顺序来冲抵还款金额。这个顺序一般会在信用卡领用合约中明确约定，常见的顺序是先冲抵利息、费用（如滞纳金、手续费等），再冲抵本金。
   • 例如，如果持卡人逾期产生了1000元的利息和500元的滞纳金，同时本金欠款为10000元，当银行从持卡人银行卡中自动划扣2000元时，这2000元会先用于冲抵利息和滞纳金，剩余的500元才会用于冲抵本金。

2. 银行规定与合同约定的影响：

   • 不同的银行可能有不同的还款冲抵顺序规定，这些规定通常会在信用卡领用合约或相关公告中明确。因此，持卡人在办理信用卡时，应仔细阅读领用合约，了解银行的具体规定。
   • 如果银行与持卡人之间有特别的合同约定，如指定了特定的还款冲抵顺序，那么银行在划扣还款时，会按照这个约定来执行。

3. 逾期本金、利息及违约金的计算：

   • 逾期本金：指超过银行规定还款期限（含宽限期）仍未偿还的透支消费金额，是计算逾期利息和违约金的基础。
   • 逾期利息：通常基于逾期本金、逾期天数和逾期利率来计算。信用卡逾期利息的日息率一般为万分之五（0.0005）。计算公式为：\(逾期利息 = 逾期本金 \times 逾期利率 \times 逾期天数\)。
   • 违约金：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违约金由发卡银行在信用卡领用合约中约定，且不得超过实际损失的30%。在信用卡业务中，逾期还款的滞纳金通常为最低还款额未还清部分的5%。

4. 逾期还款的后果：

   • 影响个人征信：逾期还款会在个人征信记录上留下不良记录，影响持卡人未来的贷款申请、信用卡申请以及出国等事宜。
   • 法律诉讼风险：如果持卡人逾期90天以上，银行有权向法院起诉持卡人。若持卡人以非法占有为目的，超限额或超期透支，并经两次催收后超过3个月仍不归还，将被认定为恶意透支，构成信用卡诈骗罪，可能面临刑事责任。

建议：

• 持卡人应尽量避免逾期还款，以免产生不必要的费用和信用记录污点。
• 如果已经逾期，应尽快与银行沟通，了解还款细节和冲抵顺序，并按照约定或法定顺序进行清偿。
• 持卡人还可以考虑与银行协商制定个性化的还款计划，以减轻还款压力并避免进一步的法律后果。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。