结论：父亲骑儿子名下的摩托车闯红灯，扣分是扣在实际驾驶员（即父亲）的驾驶证上，而非车主（儿子）的驾驶证。

详细分析：

在交通违法处理中，针对闯红灯这一行为，扣分和处罚是针对实际驾驶人的，而不是车主。这一原则基于《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，明确指出机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规时，处罚应直接针对实际的驾驶员。

具体处理方式根据违法行为的记录方式有所不同：

1. 电子眼抓拍：

   • 当闯红灯等违法行为被电子眼抓拍后，电子眼主要记录的是车辆信息。
   • 车主（儿子）在收到违章通知后，可以说明当时实际驾驶车辆的是父亲。
   • 父亲需要携带自己的驾驶证、身份证以及车辆行驶证，前往当地交警大队或相关违章处理窗口接受处罚。此时，违章扣分就会计入父亲的驾驶证名下。

2. 交警现场执法：

   • 如果闯红灯的行为是被交警现场查处的，交警会直接认定实际驾驶人（父亲），并开具处罚决定书。
   • 处罚决定书中会明确针对父亲进行处罚和扣分，扣分直接扣在父亲的驾驶证上。

法律后果：

根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》的相关规定，闯红灯的违法行为一次记六分，并处罚款200元。驾驶员（父亲）在收到违章通知后，应及时到交警部门处理违章，缴纳罚款，并接受相应的扣分处理。

建议：

1. 遵守交通法规：作为驾驶员，应当严格遵守交通法规，确保安全驾驶，避免违章行为的发生，以免对自己的驾驶证造成不良影响。
2. 及时处理违章：如果发生违章行为，应及时到交警部门处理违章，缴纳罚款，并接受相应的扣分处理，以免产生滞纳金或其他不良后果。
3. 明确责任：在家庭成员之间使用车辆时，应明确各自的责任和义务，避免因为车辆使用而产生不必要的纠纷。

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