若注册资本金中存在赃款，法律上会通过刑事追缴、民事追偿及行政处罚等综合手段进行追回与处理，具体分析如下：

1. 刑事追缴与没收
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还。若注册资本中的赃款被认定为犯罪所得（如诈骗、贪污、挪用公款等），公安机关在侦查阶段会依法查封、扣押、冻结相关资金，法院在判决时会直接没收上缴国库，或责令犯罪人退赔给被害人。
   例如：若股东通过诈骗手段获取资金并投入公司注册资本，该部分资金会被追缴，公司需配合调查并提供账目证明。

2. 民事追偿与股东责任
   若赃款来源涉及民事侵权（如借款纠纷、合同诈骗），被害人可通过民事诉讼要求返还。根据《公司法》及相关司法解释，若股东未履行出资义务或抽逃出资，公司或其他股东可要求其补足出资；若赃款导致公司债务无法清偿，债权人可主张股东在未出资范围内承担连带责任。
   关键点：需证明赃款与股东出资的直接关联性，以及公司是否因赃款受损。

3. 行政处罚与合规整改
   若公司明知或应知注册资本来源非法仍接受投资，可能面临市场监管部门的行政处罚（如罚款、吊销营业执照）。根据《市场主体登记管理条例》，提交虚假材料取得登记的，登记机关可责令改正，并处5万元以上20万元以下罚款；情节严重的，撤销登记或吊销执照。
   实务建议：公司应立即自查资金来源，主动配合调查并整改，以降低行政风险。

4. 程序衔接与证据固定
   实践中，刑事追缴优先于民事执行。若赃款已被刑事判决没收，被害人需通过刑事附带民事诉讼或执行回转程序主张权利。公司需保留完整财务记录、出资协议等证据，以证明自身善意取得（如支付合理对价、不知情等），避免被牵连。
   风险提示：若公司实际控制人或高管参与赃款流转，可能构成共犯，需承担刑事责任。

总结建议：若发现注册资本中存在赃款，应立即采取以下措施：

1. 暂停相关资金使用，封存账目；
   
2. 向公安机关报案并配合调查；
   
3. 咨询律师评估民事与行政风险；
   
4. 必要时通过股东会决议撤销非法出资，并办理减资或股权变更登记。
   

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