结论：非独立法人能否为员工申请租房补贴，需分情况讨论，具体如下：

1. 非独立法人分支机构有独立财务和预算权限
   若公司作为非独立法人分支机构（如分公司），但拥有独立的财务账户、预算审批权，且总公司明确授权其可自行制定员工福利政策（包括租房补贴），则可以以分支机构名义为员工申请租房补贴。此时需满足：

   • 分支机构在当地税务部门完成税务登记，具备独立纳税或汇总纳税资格；
     
   • 补贴发放符合当地社保、个税申报要求（如需代扣代缴个人所得税）；
     
   • 内部制度明确补贴标准、申请流程，并留存员工租房合同、支付凭证等材料备查。

2. 非独立法人分支机构无独立财务权限
   若分支机构财务由总公司统一管理，无独立预算或支出权限，则通常需由总公司申请或授权。此时需注意：

   • 总公司需在内部制度中明确分支机构员工福利的审批流程（如分支机构提交申请，总公司审核后发放）；
     
   • 若补贴涉及跨地区发放（如分公司员工在当地租房，但补贴由总公司账户支付），需提前与当地税务、社保部门沟通，确认是否需按“异地用工”处理（如是否需在分公司所在地缴纳个税或社保）。

3. 非独立法人主体为办事处、联络处等无经营资质机构
   若公司仅为办事处等非经营性机构，无独立营业执照或税务登记，则无法直接申请租房补贴。此时需通过总公司申请，或由总公司与员工签订补充协议，明确补贴由总公司承担，办事处仅负责协助收集材料。

补充建议：

• 无论哪种情况，均需确保补贴发放符合《个人所得税法》要求（如租房补贴需并入员工工资薪金所得纳税，或符合当地免税条件）；
  
• 若涉及集体宿舍或批量租房，需额外关注《商品房租赁管理办法》中关于“群租”的限制（如人均面积不得低于当地标准）；
  
• 建议公司提前制定书面《员工福利管理制度》，明确补贴范围、标准、审批流程，避免因制度模糊引发劳动纠纷。
  

如有具体操作细节需进一步确认（如当地税务政策、总公司授权流程等），可直接向我咨询。