结论：私人企业自主招标时，投标保证金超过2万元并不直接导致无效，但需符合相关法律法规的规定，特别是关于投标保证金上限的规定。若超过法定上限，则超出部分无效，但不影响招标活动的整体有效性（除非该规定被认定为效力性强制性规定）。

详细分析：

1. 投标保证金的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国招标投标法实施条例》第二十六条：“招标人在招标文件中要求投标人提交投标保证金的，投标保证金不得超过招标项目估算价的2%。投标保证金有效期应当与投标有效期一致。”
   • 这一规定明确了投标保证金的上限，即不得超过招标项目估算价的2%。但并未直接规定超过此上限的投标保证金就导致整个招标活动无效。

2. 超过法定上限的法律后果：

   • 如果投标保证金超过了招标项目估算价的2%，那么超出部分通常会被视为无效，即这部分金额不会被作为有效的投标保证金来处理。
   • 然而，这并不意味着整个招标活动因为投标保证金超过上限而无效。除非相关法律法规明确将此类规定视为效力性强制性规定（即违反将导致合同或行为无效的规定），否则一般不会影响招标活动的整体有效性。

3. 私人企业自主招标的特殊性：

   • 私人企业自主招标虽然不像政府采购或公共资源交易那样受到严格的监管，但仍需遵守《中华人民共和国招标投标法》及其实施条例等法律法规的规定。
   • 因此，即使是私人企业自主招标，其投标保证金的设置也需符合上述法律法规的规定。

4. 实际操作建议：

   • 私人企业在自主招标时，应仔细计算招标项目估算价，并据此确定合理的投标保证金上限，确保不超过法定比例。
   • 如果已经设置了超过法定上限的投标保证金，应及时调整，以避免潜在的法律风险。
   • 在招标文件中应明确投标保证金的金额、支付方式、退还条件等，以保障招标活动的顺利进行。

总结与建议： 私人企业自主招标时，投标保证金超过2万元（或招标项目估算价的2%）并不直接导致整个招标活动无效，但超出部分无效。为避免潜在的法律风险，建议私人企业在自主招标时严格遵守相关法律法规的规定，合理设置投标保证金上限。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。