医师越级使用抗菌药物主要违反了《抗菌药物临床应用管理办法》的相关规定。具体分析如下：

1. 法律依据：

   • 根据《抗菌药物临床应用管理办法》第二十四条，医疗机构和医务人员应当严格掌握使用抗菌药物预防感染的指证。预防感染、治疗轻度或者局部感染应当首选非限制使用级抗菌药物；严重感染、免疫功能低下合并感染或者病原菌只对限制使用类抗菌药物敏感时，方可选用限制使用级抗菌药物；特殊使用级抗菌药物的选用应从严控制。
   • 该办法还规定，临床应用特殊使用级抗菌药物应当严格掌握用药指证，经抗菌药物管理工作组指定的专业技术人员会诊同意后，由具有相应处方权医师开具处方。这意味着，医师在越级使用抗菌药物时，必须遵循严格的会诊和审批程序。

2. 违规后果：

   • 如果医师未经会诊或审批程序，擅自越级使用抗菌药物，将可能面临医疗机构的内部纪律处分，如警告、罚款、暂停执业等。
   • 在严重情况下，如果越级使用抗菌药物导致患者损害或医疗事故，医师还可能承担民事赔偿责任，甚至面临行政处罚或刑事责任。

3. 实际操作建议：

   • 医师在使用抗菌药物时，应严格遵守《抗菌药物临床应用管理办法》的规定，确保用药的合理性、安全性和有效性。
   • 如果确实需要越级使用抗菌药物，医师应提前与抗菌药物管理工作组指定的专业技术人员进行会诊，并获得其同意后，再由具有相应处方权的医师开具处方。
   • 医疗机构也应加强对抗菌药物使用的监管和管理，确保医师遵守相关规定，保障患者的用药安全。

总结来说，医师越级使用抗菌药物是违反《抗菌药物临床应用管理办法》的行为，可能面临内部纪律处分、民事赔偿责任以及行政处罚或刑事责任。因此，医师在使用抗菌药物时应严格遵守相关规定，确保用药的合理性和安全性。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。