司机因伤残挂靠客运公司时，是否需要赔偿取决于伤残原因、事故责任划分以及挂靠协议的具体约定等多个因素。以下从不同角度为您详细分析：

一、伤残原因与事故责任

1. 因工作原因伤残：

   • 如果司机是在执行客运公司的工作任务过程中发生交通事故导致伤残，且事故责任主要由第三方承担，那么司机有权向第三方索赔。同时，根据《工伤保险条例》，如果司机与客运公司之间存在事实劳动关系，司机还可以申请工伤认定，享受工伤保险待遇。
   • 如果事故责任部分或全部由司机自身承担（如因违规驾驶等），那么司机可能需要自行承担部分或全部损失，但具体还需根据事故责任划分和保险情况来确定。

2. 非工作原因伤残：

   • 如果司机伤残并非因执行工作任务导致，而是由于个人原因（如私自驾车外出、非工作时间发生事故等），那么客运公司通常无需承担赔偿责任。但司机仍可根据自身购买的保险（如意外险、医疗险等）向保险公司索赔。

二、挂靠协议的具体约定

• 挂靠协议是司机与客运公司之间的重要法律文件，其中可能包含关于伤残赔偿的条款。如果协议中明确规定了司机在挂靠期间发生伤残时的赔偿方式和责任划分，那么双方应按照协议约定执行。
• 如果协议中没有明确规定或规定不明确，那么双方可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决赔偿问题。

三、法律建议

1. 及时申请工伤认定：

   • 如果司机是在执行工作任务过程中发生伤残，且符合工伤认定条件，建议尽快向当地社会保险行政部门申请工伤认定，以便享受工伤保险待遇。

2. 审查挂靠协议：

   • 仔细审查挂靠协议中关于伤残赔偿的条款，了解自己的权利和义务。如果协议中有不明确或不合理的地方，可以与客运公司协商修改或补充。

3. 保留证据：

   • 在发生事故后，及时保留相关证据（如事故现场照片、医疗记录、交警事故认定书等），以便在后续索赔过程中提供有力支持。

4. 寻求法律帮助：

   • 如果对赔偿问题存在争议或无法协商解决，建议寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供法律意见和诉讼策略，帮助司机维护自己的合法权益。

四、可能法律后果

• 如果司机能够证明伤残是由客运公司的工作任务导致，且符合工伤认定条件，那么客运公司可能需要承担工伤保险责任，包括支付医疗费、伤残津贴等。
• 如果司机伤残并非因工作原因导致，或者事故责任主要由司机自身承担，那么客运公司可能无需承担赔偿责任。但司机仍可根据自身情况向保险公司或其他责任方索赔。

总之，司机因伤残挂靠客运公司时是否需要赔偿是一个复杂的问题，需要根据具体情况来分析。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。