当被告人不认罪认罚时，法院的处理方式主要基于证据裁判原则，并会综合考虑案件事实、证据以及法律规定来作出公正判决。以下是对此问题的详细解答：
一、法院判决的核心依据
根据《刑事诉讼法》的相关规定，法院对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供。这意味着，即使被告人不认罪，只要证据确实、充分，法院仍然可以认定被告人有罪并处以刑罚。这一原则确立了“零口供定罪”的法律基础，即没有被告人供述，但其他证据确实、充分的，也可以认定被告人有罪。
二、证据审查的关键标准
法院在审查证据时，会关注以下几个方面：
证据链条的完整性：证据需要形成完整的闭环，能够相互印证，排除其他可能性。例如，物证、证人证言、电子数据等需要形成时间线吻合、内容相互支持的证据网络。
排除合理怀疑：所有证据必须经法定程序查证属实，且证据之间不存在无法解释的矛盾。法院需要确信，除了被告人有罪外，没有其他合理的解释或可能性。
非法证据排除：法院会严格审查证据的合法性，排除通过刑讯逼供、诱供等非法手段获取的证据。
三、不认罪认罚对判决的影响
不签署认罪认罚具结书并不会直接影响法院的判决原则。法院仍会依据案件事实、证据及法律规定进行公正裁判。然而，认罪认罚通常被视为一种从轻情节，有助于法官在量刑时给予从宽考虑。因此，不认罪认罚可能意味着被告人失去了从宽处理的机会，面临相对较重的刑罚。
四、被告人权利保障措施
即使被告人不认罪认罚，其权利仍会得到充分保障：
律师辩护权：被告人有权聘请律师进行辩护，律师可以通过申请非法证据排除、要求关键证人出庭等方式维护被告人的权益。
疑罪从无原则：如果证据存在重大瑕疵或矛盾，法院将依法宣告被告人无罪。
上诉救济途径：如果被告人对一审判决不服，可以在法定期限内提出上诉，寻求更高一级法院的审判。
五、实际案例参考
在实际司法实践中，有许多不认罪认罚但最终被法院判定有罪的案例。例如，在某故意杀人案中，被告人始终否认犯罪，但法院通过DNA鉴定、手机定位轨迹、监控视频等证据链，最终作出了有罪判决。这充分说明了法院在判决时主要依据的是证据和法律规定，而非被告人的认罪态度。
总结
不认罪认罚并不会改变法院依法裁判的原则。法院会综合案件事实、证据和法律规定来作出公正判决。然而，认罪认罚通常被视为一种从轻情节，可能对量刑产生积极影响。因此，被告人在面对刑事指控时，应认真考虑自己的认罪态度，并充分了解自己的权利和义务。同时，无论被告人是否认罪认罚，其权利都会得到充分保障，包括律师辩护权、疑罪从无原则以及上诉救济途径等。