结论前置：城区内的工业用地在符合一定条件并依法办理相关手续后，可以转为商业经营用地。但若未依法办理土地用途变更手续，则属于违法行为。
一、合法的转变途径与条件
符合城市规划：
- 转变必须符合当地城市总体规划和土地利用总体规划，确保与城市整体发展相协调。这是工业用地转为商业用地的基本前提。
取得多部门批准：
- 需经过土地管理部门、规划部门以及原批准用地的人民政府等多部门的审查和批准。这一过程中，可能需要提交土地使用证、土地出让合同、企业营业执照等相关材料，并逐级上报至主管土地规划的副市长签字。
规划审查与调整：
- 规划部门会对地块进行审查，判断是否符合规划要求。若不符合，可能需要先行调整规划，这包括编制调整方案、征求利害关系人意见、专家论证及政府审批等多个环节。
土地评估与补缴出让金：
- 由专业评估机构对地块进行评估，确定转变后的土地价格。根据评估结果，用地者需补缴土地出让金，金额为商业用地出让价格与原工业用地出让价格的差额。
签订土地出让合同补充协议：
- 补缴出让金后，与土地管理部门签订补充协议，明确土地用途变更、出让年限等相关事项。
办理土地用途变更登记：
- 持相关材料到土地管理部门办理变更登记手续，换发新的土地使用证，标志着土地用途的正式变更。
二、不合法的情形及法律后果
违反土地用途管制：
- 若未经批准擅自将工业用地转为商业用地进行商业经营，则违反了土地用途管制制度，破坏了土地利用的整体规划和布局。
法律责任：
- 相关部门有权责令其改正，要求恢复土地原有用途。同时，根据情节轻重，还可能面临罚款、土地使用权被收回等法律责任。例如，根据《中华人民共和国土地管理法》第八十二条，擅自将农民集体所有的土地通过出让、转让使用权或者出租等方式用于非农业建设，或者违反本法规定，将集体经营性建设用地通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正，没收违法所得，并处罚款。
三、实际操作中的注意事项
提前了解政策：
- 在决定转换前，务必充分了解相关政策、流程及费用，确保整个过程的顺利进行。
寻求专业支持：
- 鉴于流程复杂且涉及多个政府部门，建议寻求专业律师团队的帮助，以确保操作的合法性和高效性。我可以为你提供专业的法律咨询和协助。
注重合同签订与履行：
- 在签订合同时，应仔细审查合同条款，确保内容符合法律规定和双方意愿。特别是涉及土地用途变更、出让年限、补缴出让金等关键条款时，要格外谨慎。
关注审批进度与结果：
- 在申请过程中，应密切关注审批进度和结果。如审批不通过，应根据反馈意见及时整改并重新申请。
总结与建议：城区内的工业用地转为商业经营用地是一个复杂而严谨的过程，涉及多个法律环节和部门审批。在实际操作中，建议你充分了解相关法律法规和政策要求，并严格按照法定程序进行操作。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请随时向我咨询。