结论：绿灯跑到中间变红灯停车是否扣分，需根据具体情况判断。一般情况下，因合理原因停车不会被扣分；但若因自身不当操作导致交通拥堵或涉嫌闯红灯，则可能会被扣分。

一、一般情况不扣分

1. 合法进入路口后因合理原因停车：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条规定，机动车在绿灯时进入有交通信号灯控制的交叉路口是合法的。如果车辆已经在绿灯时越过停止线并进入路口，但因前方交通拥堵、避让紧急车辆或行人等合理原因导致车辆停在路中间，此时红灯亮起，这种情况通常不会被认定为违章行为而扣分或罚款。
   • 举例：比如前方突然有行人横穿马路，你为了避让而紧急刹车停在路中间，这种情况下一般不会被扣分。

2. 不影响其他车辆和行人通行：

   • 在这种情况下，驾驶员应确保安全，不得影响其他车辆和行人的正常通行。只要驾驶员没有因自身不当操作（如犹豫不决、玩手机等）导致交通拥堵，就不会被处罚。

二、特殊情况可能会扣分

1. 造成交通拥堵：

   • 如果驾驶员因自身不当操作（如在路口犹豫不决、玩手机等），导致绿灯时进入路口却长时间停滞在路中间，严重影响其他方向车辆正常通行，造成交通拥堵，那么有可能会被以“不按规定停车影响其他车辆和行人通行”进行处罚，一般会处以罚款，部分地区可能会同时扣2分。
   • 举例：你在路口看到绿灯还剩几秒，想冲过去但没成功，结果停在路中间挡住了其他车辆，这种情况下就可能被扣分。

2. 涉嫌闯红灯：

   • 闯红灯的判定需要具备三张照片，即车辆驶过停止线、车辆到达路中间、车辆到达对面路口。如果车辆在绿灯时未完全通过停止线，却继续行驶至路中间并在红灯亮起前未能完全通过路口，有可能被判定为闯红灯。按照《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分。
   • 举例：你看到绿灯开始闪烁，想加速通过但没成功，结果停在路中间且红灯已经亮起，这种情况下就可能被视为闯红灯。

三、注意事项与建议

• 遵守交通规则：驾驶员在通过路口时应严格遵守交通规则，按照交通信号灯的指示行驶，并确保安全。不要为了抢几秒钟而冒险冲红灯或停在路中间。
• 及时咨询与申诉：如果遇到类似情况被扣分或罚款，但你认为自己的停车行为是合理的，可以保留相关证据（如行车记录仪视频、现场照片等）并向交警部门提出申诉。
• 关注当地交通法规：不同地区的交通法规和执法情况可能有所不同，驾驶员应关注并了解所在地的具体交通法规，以便更好地遵守和应对。

总结：绿灯跑到中间变红灯停车是否扣分，关键在于停车的原因和是否影响了其他车辆和行人的通行。如果是因合理原因停车且未造成交通拥堵或涉嫌闯红灯，则一般不会被扣分；反之，则可能会面临扣分和罚款的处罚。因此，驾驶员在通过路口时应谨慎驾驶，确保安全。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。