在涉黑案件中，参加黑社会组织罪是会单独进行判决的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与量刑标准
根据《中华人民共和国刑法》第二百九十四条的规定，对于参加黑社会性质组织的犯罪分子，法院会根据其参与程度、在组织中的作用以及案件的具体情节来综合判断并作出量刑决定。具体来说：
组织、领导者：在黑社会性质组织中起到组织、策划、指挥等核心作用的犯罪分子，将面临七年以上有期徒刑，并处没收财产的严厉惩罚。
积极参加者：主动加入黑社会性质组织，并多次积极参与其违法犯罪活动，或在严重犯罪活动中发挥突出作用，以及在组织中承担重要管理职责（如财务、人员管理）的犯罪分子，将处三年以上七年以下有期徒刑，并可并处罚金或没收财产。
其他参加者：除组织、领导者及积极参加者外，接受黑社会性质组织领导和管理，参与程度相对较低或在犯罪活动中作用较小的犯罪分子，将处三年以下有期徒刑、拘役、管制或剥夺政治权利，并可并处罚金。
二、单独判决的依据
参加黑社会组织罪是一个独立的罪名，它并不依赖于其他犯罪行为而存在。只要犯罪分子实施了参加黑社会性质组织的行为，就构成了该罪，法院就会根据上述量刑标准进行单独判决。当然，如果犯罪分子在参加黑社会性质组织的同时还实施了其他犯罪行为（如故意伤害、抢劫等），法院会依照数罪并罚的原则进行处罚，但这并不影响参加黑社会组织罪的单独判决。
三、实际案例应用
在实际案例中，法院会综合考虑犯罪分子的具体行为、在组织中的角色、犯罪情节的严重程度以及认罪态度等因素来确定最终的量刑。例如，如果犯罪分子只是被动地接受黑社会性质组织的领导和管理，参与程度较低，且没有实施其他严重犯罪行为，那么法院可能会对其判处较轻的刑罚。相反，如果犯罪分子在组织中扮演重要角色，积极参与违法犯罪活动，且情节严重，那么法院就会对其判处较重的刑罚。
四、法律建议
认清形势，主动投案：对于已经参加黑社会性质组织的犯罪分子，我建议他们认清形势，主动投案自首，争取从宽处理。
积极配合调查，如实供述罪行：在司法机关调查过程中，犯罪分子应积极配合调查，如实供述自己的罪行，以便法院能够更准确地判断其参与程度和在组织中的作用，从而作出更公正的判决。
寻求专业法律帮助：面对复杂的法律问题，犯罪分子及其家属应寻求专业律师的帮助，以便更好地理解法律程序，维护自身合法权益。
综上所述，参加黑社会组织罪是会单独进行判决的，法院会根据犯罪分子的具体参与程度、在组织中的作用以及案件的具体情节来综合判断并作出量刑决定。如果你或你身边的人涉及此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供针对性的法律分析和建议。