结论：工资是否会按三方协议发放，主要取决于三方协议中是否明确约定了工资条款，以及后续劳动合同的签订情况。若三方协议中明确约定了工资，且后续劳动合同未作相反约定，则工资一般会按三方协议发放；若三方协议未明确约定或后续劳动合同有不同约定，则需根据具体情况判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、三方协议中明确约定工资的情况

1. 法律效力：三方协议作为毕业生、用人单位和学校三方就毕业生就业事宜达成的民事协议，具有法律效力。其中的薪资条款，只要是各方真实意思表示，内容不违反法律法规的强制性规定和公序良俗，即对各方产生法律约束力。
2. 工资发放：若三方协议中明确约定了工资数额或计算方式，且后续劳动合同未作相反约定，则用人单位应按照三方协议的约定支付工资。毕业生有权要求用人单位履行该义务，若用人单位违反约定，毕业生可依法维权。

二、三方协议中未明确约定工资的情况

1. 后续劳动合同的约定：若三方协议中未明确约定工资，毕业生应在正式入职后及时与用人单位签订劳动合同，并在劳动合同中明确约定工资待遇等具体事项。此时，工资发放将依据劳动合同的约定进行。
2. 沟通与协商：在签订三方协议和劳动合同前，毕业生应与用人单位进行充分的沟通和协商，明确自己的工资待遇和福利情况。这有助于保护毕业生的合法权益，也能促进双方建立更加信任的关系。

三、特殊情况的处理

1. 试用期工资：若公司以试用期为由拒付或降低工资，毕业生可依据《劳动合同法》的相关规定主张权利。试用期工资不得低于正式工资的80%，且不得低于当地最低工资标准。
2. 协议履行纠纷：若遇工资支付问题，毕业生可先与公司协商解决；协商不成时，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，必要时通过诉讼途径维权。

四、建议与总结

1. 明确约定：在签署三方协议时，建议各方充分协商并明确薪资待遇等相关条款，以确保各自权益得到保障。
2. 及时签订劳动合同：毕业生在正式入职后应及时与用人单位签订劳动合同，进一步明确薪资待遇等具体事项，避免后续纠纷。
3. 依法维权：若遇工资支付问题或其他劳动纠纷，毕业生应依法妥善处理，维护自身合法权益。

最后，工资是否会按三方协议发放，需根据具体情况判断。若您在工资发放方面遇到任何问题或纠纷，欢迎直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。