在交通事故保险公司上诉质疑证据与事实不符的情况下，举证责任原则上仍由提出主张的一方承担，但具体分配需结合案件阶段和主张内容判断。以下是详细分析：

1. 一审阶段：谁主张、谁举证
   根据《民事诉讼法》第67条，原告（如受害方）需对事故责任、损失金额等核心事实举证，例如提供交通事故认定书、医疗费票据等。若保险公司主张“证据与事实不符”（如质疑责任认定或赔偿标准），需由保险公司自行举证，例如申请重新鉴定伤情或调取监控录像。

2. 二审阶段：保险公司上诉时的举证规则
   若保险公司因不服一审判决而上诉，其需在二审中提供新证据或指出一审证据存在重大瑕疵（如鉴定程序违法、证据伪造等）。此时举证责任仍由保险公司承担，但若其能证明一审证据存在明显问题，法院可能将举证责任部分转移给对方（如要求受害方补充证明损失合理性）。

3. 特殊情形：举证责任倒置
   在极少数情况下（如保险公司主张受害方存在故意制造事故的欺诈行为），根据《保险法》第27条，保险公司需对“故意”这一主观要件举证，此时举证责任倒置。但此类情形需保险公司提供充分线索（如现场监控、证人证言等），否则法院通常不予支持。

实务建议：

• 若您是受害方，需保留完整证据链（包括事故认定书、医疗记录、费用清单等），并注意证据的合法性（如鉴定机构资质）；
  
• 若您是保险公司，上诉时需聚焦一审证据的实质性瑕疵（如鉴定结论与病历矛盾），而非单纯否定对方主张，否则可能因举证不足被驳回。
  

如有具体案件细节（如保险公司质疑的具体证据类型、一审判决结果等），可进一步向我说明，我会结合案情为您分析举证策略。