结论前置：在农村水田上建房，一般情况下是不被允许的。若确实需要在水田上建房，必须依法办理相关审批手续，并严格遵守土地利用规划和政策规定。
一、禁止在水田上随意建房的法律依据
根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法律法规，我国实行严格的土地用途管制制度，土地被明确划分为农用地、建设用地和未利用地。水田作为农用地的重要组成部分，其主要用途是农业生产，如种植水稻等农作物。为保护耕地资源，国家严格控制农用地转为建设用地，并对耕地实行特殊保护。未经依法批准，擅自将水田用于建房，属于违法行为，将面临责令限期改正、拆除违法建筑等严厉处罚。
特别需要指出的是，我国实行最严格的耕地保护制度，对基本农田实施特殊保护。如果水田属于永久基本农田或一般耕地，通常是不允许在上面建房子的。这不仅违反了土地管理法的规定，也违背了国家保护耕地的基本国策。
二、合法建房的特殊情况及程序
尽管一般情况下不允许在水田上建房，但在某些特殊情况下，如果确实需要在农村土地上（包括水田）进行建设，必须按照法定程序办理相关审批手续：
符合规划：首先，所申请建房的水田所在区域必须符合土地利用总体规划、村庄规划等相关规划要求。只有当规划中该地块已经被确定为建设用地时，才具备建房的前提条件。
申请审批：接下来，需要向相关部门提出农用地转用申请。这一过程通常需要经过乡镇政府、县级自然资源主管部门等多级审核和批准。如果涉及占用耕地，还需要按照“占补平衡”的原则，开垦与所占用耕地的数量和质量相当的耕地，或者缴纳耕地开垦费。
取得相关证件：经过审批后，申请人还需要按照规定办理宅基地审批、乡村建设规划许可证等相关建房手续。只有取得了这些合法证件，才能动工建设。
三、违法建房的法律后果
对于未经批准擅自在水田上建房的行为，相关部门将依法进行严厉处理。处理措施可能包括：
责令停止建设：一旦发现违法建房行为，自然资源部门或农业农村部门将立即下达责令停止违法行为通知书。
强制拆除：对于不符合条件、情节严重的违法建筑，必须限期拆除并恢复土地原状。逾期不拆的，将依法组织强制拆除，费用由违法者承担。
行政处罚：根据违法情节，对建房者处以罚款，以起惩戒作用。
刑事责任：在极端情况下，如果违法建房行为构成犯罪，如非法占用农用地罪，还可能面临刑事责任的追究。
四、建议与提醒
对于有意在农村土地上建房的个人或单位，我建议：
详细了解当地政策：在动工前，务必详细了解当地的土地利用规划和政策规定，确保自己的建房行为符合法律法规要求。
咨询相关部门：在申请建房前，向乡镇政府、县级自然资源主管部门等相关部门咨询，获取准确的指导和帮助。
严格遵守法律法规：在任何情况下，都应严格遵守法律法规，确保合法合规地使用土地。避免因违法违规建房而面临法律制裁和经济损失。
如果你有关于农村土地或宅基地方面的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律意见和帮助。