撤诉是否会留下案底，主要取决于案件的性质、撤诉的阶段以及撤诉的具体原因。一般来说，若因没有犯罪事实或依法不追究刑事责任而撤诉，则不会留下案底；但若已构成犯罪但因特定原因（如情节轻微）而撤诉，或检察院作出酌定不起诉决定，则可能会留下相关记录。以下是对此问题的详细分析：
一、不构成犯罪的撤诉
侦查阶段撤诉：
- 在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。
审查起诉阶段撤诉：
- 检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录。
二、构成犯罪但特殊情况撤诉
- 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤案，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
三、检察院撤诉的具体情形与后果
因证据不足撤诉：
- 检察院可能补充侦查后重新起诉。若最终未被法院判定有罪，则无案底；若后续补充证据并被法院判定有罪，则会留下案底。
其他正当理由撤诉：
- 如情节轻微、犯罪嫌疑人有自首立功等法定从轻情节且检察院认为不需要判处刑罚而撤诉，通常不被认定有罪，无案底。但特殊情况下，如撤诉后发现新犯罪事实并再次被法院判定有罪，则会有案底。
四、注意事项
- 虽然撤诉或不起诉后一般不会留下案底，但当事人仍需注意，撤诉并不意味着其行为完全不被追究法律责任。若后续发现新证据或符合起诉条件，检察院仍可再次提起诉讼。
- 撤诉也可能对当事人的声誉等方面产生一定影响，具体情况需根据案件性质和背景综合判断。
五、相关法律依据
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第十六条：有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
（一）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（二）犯罪已过追诉时效期限的；
（三）经特赦令免除刑罚的；
（四）依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（五）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（六）其他法律规定免予追究刑事责任的。
综上所述，撤诉是否会留下案底需根据具体情况判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。