农村河流的所有权登记为国家所有是合法的。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、法律条款明确规定

根据《中华人民共和国宪法》第九条：“矿藏、水流、森林、山岭、草原、荒地、滩涂等自然资源，都属于国家所有，即全民所有；由法律规定属于集体所有的森林和山岭、草原、荒地、滩涂除外。” 这一条款明确界定了河流作为自然资源的所有权归属，即归属于国家。因此，农村河流的所有权登记为国家所有，是符合宪法规定的。

二、所有权与使用权的分离

虽然农村河流的所有权属于国家，但在实际操作中，国家通常允许并鼓励农村集体在国家法律法规的框架内，对河流进行合理的管理和使用。这种安排既体现了国家对自然资源所有权的绝对性，又充分考虑了地方管理和使用的实际需求。农村集体或个人在符合法律规定和相关许可的前提下，可以获得一定范围内对河流资源合理利用的权利，如合理取水用于农业灌溉等。但这种使用权是基于国家所有权之下的有限权利，必须严格遵循相关法律法规。

三、特定情况下的集体使用与管理

在长期的历史发展过程中，一些农村的小河流可能因当地居民的开发、治理和持续使用，形成了特定的使用和管理模式。在这种情况下，虽然河流的所有权仍归属于国家，但村集体可能依据相关规定和程序，获得对农村河道一定范围内的使用、管理等权益。然而，必须强调的是，即使河流在一定程度上被视为由村集体使用和管理，这并不意味着村集体可以随意处置这些河流。河流的管理和保护仍然受到国家相关法律的严格约束，包括但不限于水资源保护、环境保护以及防洪抗旱等方面的法律法规。

四、法律建议与行动指南

1. 了解当地政策：由于农村河流的管理和使用可能受到地方政策的影响，因此建议了解当地关于河流管理和使用的具体规定。
2. 遵守法律法规：在行使对河流的使用权时，必须严格遵守国家关于水资源管理的各项法律法规，确保河流资源的可持续利用和生态环境的保护。
3. 寻求专业咨询：如果您对农村河流的所有权或使用权有疑问，或者需要了解具体的法律程序和要求，可以直接向我咨询。作为专业律师，我将根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。

综上所述，农村河流的所有权登记为国家所有是合法的，且在使用权方面，国家通过法律法规赋予农村集体一定的管理和使用权限。在处理相关问题时，请务必遵守国家法律法规，并寻求专业法律咨询以确保合法合规。