在处理电子合同双方发生的纠纷时，我们需要综合考虑合同的具体内容、纠纷的焦点以及双方当事人的实际情况，来选择合适的解决方式。以下是一个详细且深入的解答流程：

一、明确法律依据与合同内容

首先，要确认电子合同的法律效力，这主要依据《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国电子签名法》。民法典明确了电子合同作为书面形式的一种，具有法律效力；而电子签名法则确认了电子签名的法律效力，为电子合同的签署和履行提供了法律保障。同时，要仔细审查电子合同的各项条款，特别是与争议直接相关的部分，如交付时间、质量标准、付款方式等，以明确双方的权利和义务。

二、优先尝试协商解决

在发现纠纷后，双方应首先尝试通过友好协商解决争议。协商解决具有高效、经济、灵活的特点，有助于维护双方的商业关系。在协商过程中，双方应明确各自的权利和义务，寻求互利的解决方案，并确保协商结果的合法性和有效性。一旦达成一致，应以书面形式记录下来，作为双方履行的依据。

三、考虑调解或仲裁

如果协商无果，可以考虑向相关的调解机构申请调解。调解机构将根据双方提供的证据和情况，提出公正的调解方案。调解具有灵活性高、成本较低等优点，但需注意调解结果的执行力可能相对较弱。若调解不成，且双方在电子合同中约定了仲裁条款或在纠纷发生后达成了仲裁协议，可以选择仲裁解决。仲裁具有专业性、保密性、高效性等特点，仲裁裁决具有终局性，对双方当事人均有约束力。

四、提起诉讼作为最后手段

如果仲裁也无法解决纠纷，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。诉讼是一种最具权威性和强制性的纠纷解决方式。在提起诉讼前，应充分收集证据，包括电子合同文本、交易记录、通信往来等，以支持自己的主张。诉讼过程中，应遵循法定程序，尊重法院的判决结果。若对一审判决不服，可在规定时间内提起上诉。

五、关注电子证据的收集与保全

由于电子合同的无纸化特点，证据的收集和保存尤为重要。当事人应及时采取措施固定电子证据，如截图、录屏、公证等，以确保证据的真实性、完整性和合法性。对于涉及复杂技术问题的电子合同纠纷，可能需要借助专业的技术鉴定机构进行鉴定，鉴定结果将作为法院或仲裁机构判断事实的重要依据。

六、加强风险预防与管理

为预防电子合同纠纷的发生，建议在签订合同时明确双方的权利和义务、约定清晰的履行方式和期限、采用可靠的电子签名技术确保合同的真实性和完整性。同时，选择可靠的电子合同平台或第三方认证机构进行合同的签署和验证，并定期对电子合同管理制度进行审查和更新，以适应法律法规的变化和业务发展的需要。

综上所述，处理电子合同纠纷时，我们应根据具体情况选择合适的解决方式，并积极采取措施预防纠纷的发生。如果纠纷复杂或涉及金额较大，建议咨询专业律师的意见和帮助，以确保自身权益得到充分保障。